公司手册中写迟到3小时算旷工并扣除3天工资的规定，通常是不合法的。以下从几个角度进行详细分析：

1. 法律规定与合理性

根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关劳动法规，用人单位对劳动者的处罚应当合理且与违纪行为相适应。迟到3小时，虽然违反了公司的考勤制度，但将其直接视为旷工一天，并扣除三天的工资，这种处罚方式显然过于严厉，且缺乏合理性。劳动法强调对劳动者权益的保护，避免用人单位滥用管理权，对劳动者进行不公平的处罚。

2. 旷工与迟到的本质区别

旷工是指劳动者无正当理由未提供劳动的行为，而迟到只是劳动者未按时到达工作岗位。将迟到直接等同于旷工，并据此进行严厉处罚，混淆了两种不同性质的违纪行为。合理的做法应该是根据迟到的时长和频率，给予相应的警告或罚款，而不是直接视为旷工。

3. 工资扣除的合法性

工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位不得随意扣除。即使劳动者存在违纪行为，用人单位也只能在法律允许的范围内，按照规章制度进行合理的处罚，如警告、罚款等，且罚款的金额不得超过劳动者当月工资的20%，同时扣除后的工资不得低于当地最低工资标准。因此，扣除三天工资的做法显然超出了法律允许的范围。

4. 员工手册的效力与合理性审查

员工手册作为用人单位的规章制度，应当经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。即使员工手册中有相关规定，如果其内容违反了法律、行政法规的强制性规定，或者显失公平、合理，那么这些规定也是无效的。在本案例中，将迟到3小时视为旷工一天并扣除三天工资的规定，很可能因违反法律原则和公平合理原则而被认定为无效。

5. 实际案例与司法实践

从司法实践来看，法院在处理类似案件时，通常会审查用人单位的规章制度是否合法、合理，以及是否对劳动者进行了公平的处罚。如果用人单位的规章制度存在违法或不合理之处，法院往往会支持劳动者的诉求，要求用人单位撤销不合理的处罚决定。

建议：

• 与用人单位协商：首先，你可以尝试与用人单位进行协商，表达你对公司手册中相关规定的不满，并寻求合理的解决方案。
• 申请劳动仲裁：如果协商无果，你可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求撤销不合理的处罚决定，并恢复被扣除的工资。
• 寻求法律援助：在处理此类纠纷时，如果你感到困惑或无助，可以寻求专业的法律援助或咨询我这样的专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

总之，公司手册中写迟到3小时算旷工并扣除3天工资的规定是不合法的。如果你遇到了类似的问题，不要害怕或妥协，要勇敢地维护自己的合法权益。