在刑事案件开庭审理后，被告人若阅卷时发现众多问题，这确实是一个需要细致处理的情况。以下是我为您整理的详细应对步骤和建议：

一、明确阅卷目的与参照物

首先，要明确阅卷的目的，即审查公安机关或监察机关移送审查起诉的罪名与事实是否成立，证据是否确实、充分，达到起诉标准。参照物通常是办案单位移送的《起诉意见书》。通过仔细阅读《起诉意见书》，您可以甄别和分析归纳侦查机关、调查机关认定的犯罪事实、搜集固定的证据、移送审查起诉的逻辑以及构罪结论的论理情况。

二、搭建阅卷大纲，明确侧重点

对于案卷较多的案件，如涉众型案件（非吸、集资诈骗类）、涉黑涉恶类案件，搭建阅卷大纲至关重要。这有助于您明确阅卷工作的侧重点，提高效率。您可以根据案件类型，如非吸类案件重点查阅司法审计报告、集资群众的言辞证据；伤害类案件重点查阅伤情鉴定及案发起因、行为过程的证据；职务犯罪类案件重点查阅证实职务身份、职权便利的书证等，来细化阅卷进程和重点。

三、巧用阅卷笔录，记录关键信息

在阅卷过程中，制作详细的阅卷笔录是必不可少的。您可以按照证据类型、个罪分类或程序-实体证据等方式进行罗列，确保清晰、全面、易查找。阅卷笔录应详细标注证据所在的案卷及页码，便于后期随时翻阅。对于发现的疑点、难点、重点，应逐一审查确定、反复研判。

四、针对问题，提出质证意见

当您在阅卷中发现众多问题时，应针对这些问题提出具体的质证意见。质证意见应明确有异议的证据所在的卷宗及页码，以便当庭核对并答辩。如果问题较多，无法当庭全部提出，可以要求庭后明确证据所在，先由法庭记录下质证意见。

五、与辩护人沟通，共同制定辩护策略

作为被告人，您应与辩护人保持密切沟通，共同分析阅卷中发现的问题，制定辩护策略。辩护人可以根据您的意见和阅卷笔录，进一步梳理归纳量刑事实、量刑证据，或总结归纳案件事实，形成可视化图表、法律意见分析等材料，向检察机关陈述不构成犯罪的理由及证据事实依据。

六、持续关注案件进展，及时调整策略

在案件审理过程中，您应持续关注案件进展，及时了解法庭对质证意见的反馈。如果法庭对某些证据或事实有新的认定或解释，您应与辩护人及时沟通，调整辩护策略，确保辩护工作的有效性和针对性。

总之，刑事案件开庭审理后被告人阅卷发现众多问题并不可怕，关键在于如何高效、准确地处理这些问题。通过明确阅卷目的、搭建阅卷大纲、巧用阅卷笔录、提出质证意见、与辩护人沟通以及持续关注案件进展等步骤，您可以更好地维护自己的合法权益。