针对您提出的“虚开发票超过3万怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，虚开发票是一种违法行为，无论金额大小，都会受到法律的制裁。当虚开发票的金额超过3万时，通常会被视为情节严重的情况。
一、行政处罚
没收违法所得：税务机关会对虚开发票所获得的违法收入予以没收，这是从根源上杜绝违法获利的重要手段。
罚款：根据《中华人民共和国发票管理办法》的相关规定，虚开发票违法程度严重的，税务机关会没收违法所得，并处5万元以上10万元以下罚款，或者根据具体情况处以更高额度的罚款，最高可达50万元。具体罚款金额会根据虚开发票的金额、情节严重程度以及造成的后果等因素综合判定。
二、刑事责任
若虚开发票的行为构成犯罪，将依法追究刑事责任。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，虚开发票罪一般处二年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节特别严重的，处二年以上七年以下有期徒刑，并处罚金。
三、单位犯罪的处理
如果是单位犯虚开发票罪，不仅要对单位判处罚金，还会对直接负责的主管人员和其他直接责任人员，按照上述规定进行处罚。这意味着，单位的相关负责人和直接责任人员也可能面临刑事责任。
四、具体案例与司法实践
以您提供的案例为例，小朱作为公司负责人，指使会计虚开了3万元的普通发票。税务机关在税务检查中发现了这一情况，并认定该行为属于虚开普通发票情节严重的情形。根据法律规定，小朱所在公司虚开发票的违法所得应被没收，还可能面临高额罚款。若该行为构成犯罪，小朱等直接负责人员还将面临刑事责任。
五、建议与提醒
遵守法律法规：企业和个人应严格遵守发票管理等相关法律法规，避免虚开发票等违法行为。
加强内部管理：企业应建立健全内部发票管理制度，确保发票的开具、使用和管理符合法律法规要求。
及时咨询与整改：若发现存在虚开发票等违法行为，应及时向税务机关咨询并整改，以减轻或避免法律责任。
综上所述，虚开发票超过3万将面临严重的行政处罚和可能的刑事责任。因此，我建议您或您的企业务必严格遵守相关法律法规，避免此类违法行为的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请及时咨询专业律师或税务机关。