农民自家水沟自己修是否违法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、若水沟位于自家宅基地或承包地范围内，且不改变土地用途
一般情况不违法：
- 如果水沟原本就存在于宅基地或承包地内，且农民只是对其进行必要的维修或清理，以保持其正常使用功能，并未改变土地用途或进行建设活动，那么这种行为通常不构成违法。
需注意的事项：
- 农民在维修水沟时，应确保不破坏周边环境，不侵犯他人的合法权益，如不堵塞相邻土地的排水通道等。
- 如果水沟维修涉及挖掘、填埋等可能影响土地稳定性的活动，建议事先咨询当地自然资源或农业农村主管部门，以确保行为合法合规。
二、若水沟位于农田范围内，且涉及改变土地用途或进行建设活动
可能违法：
- 根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，非农业建设应节约用地，禁止擅自在耕地上进行建房、挖砂、采石、采矿、取土等活动。如果农民在农田范围内修建水沟，且该行为改变了土地用途或进行了建设活动，那么这种行为可能构成违法。
- 特别是如果修建的水沟占用了永久基本农田，那么违法性质将更为严重，因为永久基本农田受到特别保护。
法律后果：
- 对于违规占用农田修水沟的行为，县级以上人民政府自然资源主管部门或农业农村主管部门将责令限期改正或治理，并可能处以罚款。罚款的具体数额将依据违法情节和占用面积等因素确定。
- 如果行为造成严重后果，如大面积农田种植条件被严重破坏，可能构成非法占用农用地罪，面临刑事责任的追究。
三、若水沟位于农村公共区域或涉及他人土地
可能侵犯他人权益：
- 如果水沟位于农村公共区域，如村道旁、公共灌溉渠道等，或者涉及他人土地的使用权，那么农民在未经许可的情况下自行修建水沟，可能侵犯他人的合法权益，构成违法。
需遵循的程序：
- 在这种情况下，农民应事先与相关部门或土地使用权人进行协商，取得必要的许可和同意后，方可进行水沟的修建。
四、建议与措施
了解法律法规：
- 农民在进行任何涉及土地的活动之前，应充分了解并遵守当地的法律法规和政策要求，确保行为的合法性和合规性。
申请审批：
- 如果因生产生活等合理需求确需在农田或公共区域修建水沟，应按照法定程序向当地自然资源主管部门或农业农村主管部门提出申请。申请时应详细说明修建的必要性、用途及规划设计方案等，待获得依法批准后方可进行施工。
增强法律意识：
- 建议农民加强对土地管理法律法规的学习和理解，提高法律意识，避免因无知而触犯法律。
总结来看，农民自家水沟自己修是否违法，需根据水沟的位置、是否改变土地用途、是否涉及他人土地使用权等因素进行综合判断。在进行任何涉及土地的活动时，务必严格遵守相关法律法规，确保行为的合法性和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。