若在行政复议过程中发现证据损坏，可按以下方式处理：

1. 及时固定证据状态
   首先需立即对损坏证据的现状进行固定，包括但不限于通过拍照、录像、书面记录等方式留存证据损坏的客观状态。若证据为电子数据，需通过技术手段提取存储介质信息或进行数据恢复操作。此步骤的目的是防止因证据进一步灭失导致复议机关无法查清事实。

2. 区分证据损坏责任主体

   • 行政机关责任：若证据损坏系因行政机关保管不善、违规操作或故意销毁导致，复议机关可依据《行政复议法》第六十九条直接认定行政行为违法。此时申请人需提供初步证据证明损坏与行政机关的关联性（如监控录像、保管记录等）。
     
   • 申请人责任：若证据损坏系因申请人自身原因（如未妥善保管、故意损毁）导致，复议机关可能以“证据不足”为由维持原行政行为。但若申请人能证明已尽合理注意义务，仍可主张行政机关承担举证责任。
     
   • 第三方责任：若证据损坏系因第三方（如运输公司、存储机构）过错导致，需通过民事诉讼追究第三方责任，同时在行政复议中说明情况，争取复议机关采纳其他关联证据。

3. 申请证据补正或重新提供
   根据《行政复议法》第四十一条，若证据损坏导致关键事实无法查清，申请人可向复议机关申请：

   • 要求行政机关补充提供原始证据的备份或复制件；
     
   • 允许申请人提交其他能够证明待证事实的间接证据（如证人证言、鉴定意见等）；
     
   • 在复议机关主持下，由双方共同委托第三方机构对损坏证据进行修复或鉴定。

4. 主张程序违法救济
   若证据损坏导致复议程序无法正常进行，申请人可依据《行政复议法》第七十七条主张复议机关中止审理，并要求对证据损坏行为进行调查。若复议机关未依法处理，申请人可在收到复议决定书之日起十五日内向人民法院提起行政诉讼，同时将证据损坏问题作为行政行为违法的理由之一。

实务建议：

• 申请人应在发现证据损坏后三日内向复议机关提交书面说明，并附上证据损坏的证明材料；
  
• 若涉及专业证据（如电子数据、鉴定报告），建议同步委托公证机构或技术专家出具分析意见；
  
• 保持与复议机关的沟通，确保程序推进不因证据问题陷入停滞。
  

如有具体案件细节需要进一步分析，可直接向我说明情况。