交通肇事后负主要责任，即便获得对方谅解书，也不一定能免于起诉。具体是否起诉，需由检察机关根据案件的具体情况来判定。以下从不同角度为您详细分析：
一、谅解书的作用
谅解书是受害方对肇事者行为的一种谅解表示，它可以在量刑时作为从宽处罚的一个因素。然而，谅解书并不直接决定检察机关是否起诉。检察机关在决定是否起诉时，会综合考虑案件的犯罪情节、后果、社会危害性等因素。
二、检察机关的决策依据
犯罪情节：如果交通肇事行为情节显著轻微，危害不大，且肇事者有悔罪表现，那么检察机关有可能作出不起诉决定。但若肇事行为严重，如造成多人重伤或死亡，即便有谅解书，检察机关一般也会提起公诉。
危害后果：交通肇事造成的后果也是检察机关考虑的重要因素。如果后果严重，如导致多人死亡或重大财产损失，那么即便有谅解书，也难以免除起诉。
社会危害性：检察机关还会考虑肇事行为的社会危害性。如果肇事行为对社会造成了恶劣影响，那么检察机关更可能提起公诉，以维护社会秩序和公共安全。
三、可能不起诉的情形
虽然大多数情况下，交通肇事致人重伤或死亡且负主要责任的案件会提起公诉，但也存在一些可能不起诉的情形，如：
犯罪情节显著轻微：如果肇事者的行为情节显著轻微，且符合其他法定不起诉的条件（如犯罪已过追诉时效期限、经特赦令免除刑罚等），那么检察机关有可能作出不起诉决定。
存在其他法定不起诉情形：除了犯罪情节显著轻微外，如果还存在其他法定不起诉的情形，如犯罪嫌疑人死亡、依照刑法告诉才处理的犯罪没有告诉或撤回告诉等，那么检察机关也会作出不起诉决定。
四、建议与指导
积极配合司法机关：即便获得了谅解书，肇事者也应积极配合司法机关的调查和处理，如实陈述事实，尽力减轻犯罪情节和社会危害性。
争取更好的法律结果：肇事者及其律师可以通过积极赔偿、与受害方达成和解协议等方式来争取更好的法律结果。在向检察院提交相关申请时，应详细陈述理由和事实，以争取不起诉的决定。
了解自身权利义务：无论是肇事者还是受害者家属，都应充分了解相关法律程序和自身权利义务。肇事者应了解自己的刑事责任和可能的法律后果；受害者家属则应了解自己的民事权利，并在必要时寻求法律援助以维护自身权益。
举例说明：假设小张驾车与小李车辆发生碰撞，导致小李重伤。经认定，小张负事故主要责任。事后，小张积极赔偿小李损失，并获得了小李的谅解书。然而，由于该交通肇事行为造成了严重后果（一人重伤），且小张的行为具有一定的社会危害性，因此检察机关仍可能提起公诉。当然，如果小张的行为情节显著轻微，且符合其他法定不起诉的条件，那么检察机关也有可能作出不起诉决定。
总之，交通肇事后负主要责任，即便获得对方谅解书，也不一定能免于起诉。具体是否起诉，需由检察机关根据案件的具体情况来判定。如果您或您身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。