证书挂靠被查，公司确实会受到影响，且影响可能较为严重。以下从不同角度详细分析这一问题：
一、法律后果角度
行政处罚：
- 企业使用挂证人员属于违法行为。根据相关法律法规，如《注册建造师管理规定》等，企业可能面临罚款、暂扣或吊销资质证书等处罚。这些处罚将直接影响企业的正常运营和业务发展，可能导致企业无法承接新的工程项目，甚至面临停业整顿的风险。
经济损失：
- 因挂证行为导致的工程质量问题、安全事故等，企业可能需要承担巨大的经济赔偿责任。这不仅包括对受害者的赔偿，还可能包括因工程质量不达标而进行的返工、修复等费用。此外，企业还可能因挂证行为而面临法律诉讼，进一步增加经济负担。
二、企业声誉与信誉角度
行业声誉受损：
- 挂证行为被查处后，企业的行业声誉将受到严重影响。这可能导致企业在行业内失去信任，难以与其他企业建立合作关系，甚至可能被列入行业黑名单，影响企业的长远发展。
客户信任度降低：
- 客户在选择合作伙伴时，往往会考虑企业的信誉和资质。挂证行为被查处后，客户对企业的信任度将降低，可能导致企业失去现有客户，甚至难以吸引新客户。
三、应对建议角度
立即停止挂证行为：
- 企业一旦发现存在挂证行为，应立即停止，并主动配合相关部门的调查和处理。这有助于减轻企业的法律责任，避免进一步的损失。
加强内部管理：
- 企业应加强对员工的管理和监督，确保员工遵守相关法律法规和公司内部规章制度。通过建立健全的内部管理制度，防止挂证行为的发生。
积极应对法律风险：
- 企业应咨询专业律师，了解挂证行为的法律后果和应对策略。在律师的指导下，积极应对法律风险，维护企业的合法权益。
加强法律学习和合规意识：
- 企业应组织员工深入学习与职业资格证书管理、行业规范等相关的法律法规，增强法律意识和合规意识。通过培训和教育，提高员工的法律素养和职业道德水平。
总结与反思：证书挂靠行为不仅违反了职业道德和行业规范，还可能触犯法律。一旦被查处，企业将面临严重的法律后果和经济损失。因此，企业应坚决杜绝此类行为，加强内部管理和监督，确保员工遵守相关法律法规和公司内部规章制度。如果遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。