在法院双方自愿达成的调解协议若违反了国家法律，该调解书通常是无效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律效力的基本原则
法律行为的有效性必须严格遵循相关法律法规以及公共秩序与善良风俗的基本原则。调解协议作为法律行为的一种，其效力同样受到法律的严格约束。如果调解协议的内容违反了法律的强制性规定，如涉及非法交易、损害国家利益或侵犯他人合法权益等，那么该协议从一开始就不具备法律上的约束力。
二、调解协议无效的具体情形
违反法律强制性规定：如果调解协议的内容直接或间接地违反了法律的强制性规定，如违反了公序良俗、损害了国家的整体利益或者侵犯了他人的合法权益等，那么该协议将被视为无效。
部分条款违法：对于部分条款存在违法现象的调解协议，如果违法条款可以独立于其他条款存在，并且其他条款并不违法，那么可能只需要宣布违法的条款无效，而无需对其他条款的效力产生质疑。然而，如果违法条款与其他条款紧密相连，无法独立存在，那么整个协议可能都将被视为无效。
三、调解协议无效后的处理
一旦调解协议被认定无效，自始就没有法律约束力。对于已经依据该无效协议履行的部分，应当根据不同情况进行处理：
财产返还：如果一方因该协议取得了财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。
损失赔偿：有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
四、实际操作中的建议
审查协议内容：在签署调解协议前，务必仔细审查协议内容，确保其不违反任何法律的强制性规定。
咨询专业律师：如果您对调解协议的法律效力存在疑虑，或者不确定协议内容是否合法，建议咨询专业律师进行法律审查。
及时采取措施：如果发现调解协议违反了法律，且已经签署，那么应当及时采取措施，如与对方协商修改协议内容，或者通过法律途径申请撤销或认定协议无效。
举例说明：假设双方在法院调解下达成了一份关于房产转让的调解协议，但后来发现该房产属于国家禁止转让的范畴（如涉及文物保护单位等），那么该调解协议就因违反了法律的强制性规定而无效。在这种情况下，双方应当根据法律规定处理已经履行的部分，如返还房产或折价补偿等。
如果您在调解协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。