行政处罚立案超过90天后是否还能处罚，不能一概而论，需根据具体情况判断。以下从不同角度进行分析：
一、一般情况下的处罚时效
根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，违法行为在二年内未被发现的，原则上不再给予行政处罚。这一规定旨在平衡行政效率与当事人权益，防止案件久拖不决。对于涉及公民生命健康安全、金融安全且有危害后果的违法行为，上述追诉时效期限延长至五年。因此，只要违法行为在规定时效内被发现，即便立案后超过90天，行政机关仍有权依法作出处罚决定。
二、特殊的案件办理期限规定
普通程序案件：
- 部分法律法规针对特定领域行政处罚案件的办理规定了具体的期限。例如，《市场监督管理行政处罚程序规定》明确，市场监督管理部门办理普通程序案件，一般应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定。
- 然而，这些规定并非绝对。在市场监管等领域，如果案件情况复杂或存在特殊情况，经相关程序批准，可以延长办案期限。延长期限的具体规定因法规而异，可能包括延长三十日或更长时间，甚至由相关部门负责人集体讨论决定是否继续延期，并确定延长的合理期限。
治安案件：
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第九十九条的规定，公安机关办理治安案件的期限，自受理之日起不得超过三十日；案情重大、复杂的，经上一级公安机关批准，可以延长三十日。
- 为了查明案情进行鉴定的期间，不计入办理治安案件的期限。这意味着，在治安案件中，如果因鉴定等原因导致办案期限延长，超过90天仍有可能作出处罚决定。
三、实际操作中的考虑因素
除了法律规定的时效和办案期限外，实际操作中还需要考虑以下因素：
证据的保存和获取难度：
- 如果证据确凿且易于获取，行政机关可能更倾向于在法定期限内作出处罚决定。反之，如果证据难以获取或保存，可能需要更长时间来调查和收集证据。
违法行为的性质和严重程度：
- 违法行为的性质和严重程度也是影响行政机关是否决定进行处罚以及处罚轻重的重要因素。例如，如果违法行为严重危害社会公共利益，即使超过90天，行政机关也可能依法作出严厉的处罚决定。
当事人的权益保护：
- 在处理超过90天的行政处罚案件时，行政机关还需要考虑当事人的权益保护。例如，是否需要给予当事人充分的陈述和申辩机会，以及是否需要公开听证等程序来保障当事人的合法权益。
四、法律建议
对于行政机关：
- 应严格遵守法律规定的时效和办案期限，确保案件在法定期限内办结。
- 如需延长办案期限，应依法履行审批手续，并书面告知当事人延期事由及期限。
- 加强内部管理，提高执法效率，避免案件久拖不决。
对于当事人：
- 如认为行政机关超过法定期限未作出处罚决定，可以依法提出异议或申请行政复议、提起行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。
- 在行政机关作出处罚决定前，应积极配合调查，提供必要的证据和材料，以便行政机关作出公正、合理的处罚决定。
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