结论：虚开增值税60万在检察院补交税款的法律依据主要来源于《中华人民共和国刑法》及《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，适用程序则涉及刑事诉讼的多个阶段。
一、法律依据
《中华人民共和国刑法》：
- 第二百零五条明确规定了虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的刑事责任。对于虚开税款数额较大的行为，法律设定了相应的刑罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。虽然该条款未直接提及补交税款，但补交税款是犯罪嫌疑人或被告人承担刑事责任、减轻处罚的一种方式。
- 在司法实践中，犯罪嫌疑人或被告人若能在案件处理过程中积极补交税款，通常会被视为有悔罪表现，从而在量刑时得到从轻或减轻处罚的考虑。
《中华人民共和国税收征收管理法》：
- 该法规定了税收的征收、管理、检查和法律责任等方面的内容。对于虚开增值税发票等违法行为，税收征收管理法明确了相应的税务处理措施，包括补交税款、加收滞纳金和罚款等。
- 在检察院阶段，若犯罪嫌疑人或被告人愿意补交税款，这通常会被视为其配合调查、认罪悔罪的表现，有助于案件的顺利处理。
二、适用程序
刑事诉讼阶段：
- 侦查阶段：公安机关负责侦查虚开增值税发票案件，收集证据并查明事实。在此阶段，犯罪嫌疑人或其辩护人可以与公安机关沟通，表达补交税款的意愿。
- 审查起诉阶段：案件移送至检察院后，检察院会对案件进行审查起诉。在此阶段，犯罪嫌疑人或其辩护人可以向检察院提出补交税款的申请，并提交相关证据材料。检察院在审查时，会考虑犯罪嫌疑人的补交税款情况作为量刑情节。
- 审判阶段：若案件进入审判阶段，法院在判决时会综合考虑犯罪嫌疑人的犯罪情节、补交税款情况等因素，依法作出判决。
补交税款的具体程序：
- 提出申请：犯罪嫌疑人或其辩护人应向办案机关（如公安局、检察院）提出补交税款的申请，并说明补交税款的金额、方式等。
- 缴纳税款：按照税务机关的要求，将应补交的税款及滞纳金缴纳至指定账户。
- 提交证明：缴纳税款后，应取得税务机关出具的完税证明或其他相关证明材料，并提交给办案机关。
- 量刑考虑：办案机关在审查案件时，会将犯罪嫌疑人的补交税款情况作为量刑情节进行考虑。
三、法律建议
- 积极配合调查：犯罪嫌疑人或被告人应积极配合公安机关、检察院的调查工作，如实陈述事实，提供相关证据材料。
- 及时补交税款：若有能力补交税款，应尽早向税务机关申请并缴纳，以体现认罪悔罪的态度。
- 寻求专业法律帮助：在处理此类案件时，建议犯罪嫌疑人或被告人寻求专业律师的帮助，以确保自身权益得到充分保障。
四、可能的法律后果
- 刑事处罚：若虚开增值税发票行为构成犯罪，犯罪嫌疑人或被告人将面临刑事处罚，包括有期徒刑、拘役和罚金等。
- 税务处理：除了刑事处罚外，犯罪嫌疑人或被告人还需承担税务处理责任，包括补交税款、加收滞纳金和罚款等。
- 信用影响：虚开增值税发票行为还会对犯罪嫌疑人或被告人的个人信用造成严重影响，可能影响其未来的贷款、就业等方面。
在处理虚开增值税60万在检察院补交税款的问题时，应充分了解相关法律依据和适用程序，并积极配合调查、及时补交税款，以减轻可能的法律后果。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。