当公司不配合提供资料时，股权价值的确定可以通过以下几种方式来进行：

1. 专业评估（需配合但可强制）
   专业评估是确定股权价值较为精确的方式，通常需要公司配合提供完整的财务会计报表等资料。若公司不配合，可向法院申请强制要求公司或相关方提供资料。例如，法院可通过摇号方式确定会计师事务所进行司法审计，并出具鉴定意见书。若公司仍拒不提供，法院可能依据《民事诉讼法》相关规定，对其作出不利推定（如直接采纳对方主张的估值），甚至对公司或责任人处以罚款、拘留等强制措施。

2. 以公司利润为基础确定补偿款
   当公司或相关方不配合提供完整财务资料时，法院可参考公司利润情况酌定股权价值。例如，若股东拒不提供原始账簿导致鉴定无法完成，法院可能结合公司近几年的利润表，酌情以一定期间内主营业务利润的一定比例作为补偿依据。需注意：此方法需部分财务资料支持（如利润表），若完全无资料则无法适用。

3. 参考注册资本确定价值
   若财务资料严重缺失，无法反映公司真实价值，法院可能参考注册资本确定股权价值。例如，在双方均无法提供审计报告或评估所需材料时，法院可能直接参照注册资本折算股权价值。合理性依据：注册资本是股东初始投入的公开记载，若当事人未举证证明公司实际资产状况，需承担举证不能的后果。

4. 依据其他公司文件酌定价值
   当正式财务资料缺失但有其他公司文件（如股东大会纪要、资产清单等）可参考时，法院可能灵活运用这些资料酌定价值。例如，法院可能参照《股东大会会议纪要》中记载的公司资产和资金结转额，酌定股权折价款。适用条件：需存在其他可信的公司文件，且能反映部分真实情况。

法律建议与风险提示：

• 提前保存资料：在涉及股权争议前，应尽可能了解和保存公司财务资料（如利润表、资产负债表等），避免因资料缺失导致估值困难。
• 诉讼中积极举证：在诉讼过程中，应主动申请评估并提供所能获取的一切资料。若对方不配合，可要求法院对其作出不利推定（如直接采纳己方主张的估值）。
• 灵活选择估值方式：根据资料掌握情况，选择最适合的股权价值确定方式（如专业评估、利润参考、注册资本参考等）。
• 风险提示：若完全无资料支持，法院可能无法准确确定股权价值，导致己方权益受损。因此，建议尽早通过法律手段固定证据（如申请证据保全）。

后续行动建议： 若您目前面临公司不配合提供资料的情况，建议立即整理已掌握的财务资料（如利润表、合同、银行流水等），并咨询专业律师。律师可协助您向法院申请强制取证、选择最优估值方式，或通过谈判、诉讼等途径维护您的股权权益。如有具体问题，可直接向我咨询，我将为您提供详细的法律分析。