工程上保证金的归还时间主要取决于合同约定以及相关法律法规的规定，具体分析如下：
一、合同约定优先
在工程建设领域，发包人与承包人在签订建设工程合同时，通常会对保证金的归还时间进行明确约定。这种约定具有法律上的优先性，只要其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，双方就必须严格按照合同约定的时间和条件执行保证金的归还。例如，合同可能约定在工程竣工验收合格后的一定期限（如1年、2年）内归还保证金。
二、合同未约定或约定不明时的处理规则
当合同中对保证金归还期限没有约定或者约定不明确时，应参照相关法律法规进行处理。具体来说：
依据《建设工程质量保证金管理办法》：
- 建设单位在接到施工单位返还保证金申请后，应于14日内会同施工单位按照合同约定的内容进行核实。
- 如无异议，建设单位应当在核实后14日内将保证金返还给施工单位。
- 逾期支付的，从逾期之日起，按照同期银行贷款利率计付利息，并承担违约责任。
依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》：
- 自建设工程通过竣工验收之日起满二年，承包人有权请求发包人返还工程质量保证金。
- 若因发包人原因导致工程未按约定期限进行竣工验收，自承包人提交工程竣工验收报告九十日后，若当事人已约定工程质量保证金返还期限，则该期限届满时承包人有权请求返还；若未约定，则自提交报告九十日后起满二年，承包人有权请求返还。
三、保证金归还前的质量检查
在保证金归还前，承包人需确保工程无质量问题。这是保证金制度的重要一环，旨在保障工程的长期质量和发包人的合法权益。若工程存在质量问题，发包人有权扣除部分或全部保证金以用于维修工程。因此，承包人在施工过程中应严格控制工程质量，并在质保期内积极履行保修义务。
四、特殊情况下的保证金归还
在实际操作中，可能会存在一些特殊情况影响保证金的归还时间。例如：
- 工程存在质量问题需要整改：如果工程在竣工验收时发现存在质量问题，需要承包人进行整改，那么保证金的归还时间可能会顺延至整改完成并验收合格。
- 结算过程中双方对某些费用存在分歧：在结算过程中，如果双方对某些费用（如工程变更、索赔等）存在分歧，这也可能导致保证金的归还延迟。在这种情况下，双方应通过协商、调解或诉讼等方式解决分歧，以便及时归还保证金。
建议：
- 在签订建设工程合同时，双方应明确约定保证金的归还时间、条件和方式，以避免后续纠纷。
- 在施工过程中，承包人应严格控制工程质量，确保工程符合合同约定和相关标准。
- 在保证金归还前，双方应按照合同约定和相关法律法规进行核实和确认，确保保证金的顺利归还。
如有任何关于工程保证金归还的法律问题，可以直接向我咨询。