公司合并时，员工的工龄不会清零，而是会连续计算。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据与基本原则
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十四条的规定：“用人单位发生合并或者分立等情况，原劳动合同继续有效，劳动合同由承继其权利和义务的用人单位继续履行。”这意味着，在公司合并的情况下，员工的劳动合同应得到继续履行，包括工龄在内的各项劳动权益也应得到保障。工龄连续计算原则是为了保护员工的合法权益，避免因公司合并而导致员工工龄中断或清零。
二、具体计算方法与情形
直接合并情形：
- 如果两家公司在合并前均依法为员工缴纳了社会保险，且合并后新公司继续履行原劳动合同，那么员工的工龄应自入职原公司之日起连续计算。
- 例如，员工A在原公司工作了5年，后原公司与另一家公司合并，员工A继续在新公司工作。那么，员工A的工龄应计算为5年加上在新公司的工作时间（如继续工作3年，则总工龄为8年）。
特殊情形处理：
- 经济补偿金支付：在某些情况下，如公司合并导致劳动合同无法继续履行，且双方协商一致解除劳动合同，公司可能需要向员工支付经济补偿金。此时，经济补偿金的计算年限通常也会考虑员工在原公司的工龄。但需注意的是，这并不意味着工龄本身会因此中断或改变，而是作为计算经济补偿金的一个因素。
- 非因本人原因变更用人单位：如果劳动者非因本人原因从原用人单位被安排到新用人单位工作，且原用人单位未支付经济补偿金，那么劳动者在原用人单位的工作年限应合并计算为新用人单位的工作年限。这一规定同样适用于公司合并的情形。
三、实际操作中的注意事项
- 查看劳动合同与公司规章制度：员工应仔细查看自己的劳动合同和公司规章制度，了解其中关于工龄计算的具体规定。如有不明确之处，可向人力资源部门咨询。
- 保留相关证据：为了维护自己的合法权益，员工应妥善保管好与工作相关的各类文件资料，如劳动合同、工资条、考勤记录等。这些证据在必要时可用于证明自己的工龄和劳动权益。
- 及时沟通协商：在公司合并过程中，员工应密切关注相关信息动态，并与新公司的人力资源部门保持密切沟通协商。如发现工龄计算存在问题或争议，应及时提出并寻求解决方案。
总结与建议：公司合并时，员工的工龄不会清零，而是会连续计算。员工应了解自己的权益，并保留好相关证据。如有任何疑问或争议，建议及时与公司沟通协商，或直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。