犯罪嫌疑人在调查过程中死亡，不会留下案底。我国法律明确规定，案底（即犯罪记录）的形成需以人民法院的定罪量刑为前提。在犯罪嫌疑人死亡时，案件可能处于不同阶段，具体处理方式及法律后果如下：

一、案件阶段与处理方式

1. 公安侦查阶段
   若案件尚未移送检察院审查起诉，公安机关需依法撤销案件。此时，犯罪嫌疑人未被定罪，不会产生案底。

2. 检察院审查起诉阶段
   若案件已移送检察院但未提起公诉，检察院应作出不起诉决定。根据《刑事诉讼法》第十六条，犯罪嫌疑人死亡属于法定不起诉情形，同样不会留下案底。

3. 法院审理阶段

   • 未宣判前死亡：法院应裁定终止审理，案件不再继续，不会定罪。
     
   • 已宣判无罪：若法院在审理中认定犯罪嫌疑人无罪，会作出无罪判决，此时亦无案底。
     
   • 已宣判有罪但未生效：若一审判决有罪但犯罪嫌疑人死亡，二审或死刑复核阶段将终止，已作出的有罪判决不生效，仍无案底。

二、法律逻辑与依据

案底的核心是“定罪记录”，即法院生效判决确认的犯罪事实。根据《刑事诉讼法》第十二条：“未经人民法院依法判决，对任何人都不得确定有罪。”犯罪嫌疑人死亡时，案件终止于侦查、起诉或审理阶段，均未达到定罪条件，因此不会产生案底。

三、特殊情形说明

1. 死亡与定罪的独立性
   即使犯罪嫌疑人死亡，若案件已进入审判阶段且法院作出有罪判决（但未生效），理论上可能存在“形式上的定罪”。但根据《刑事诉讼法》第十六条，此类判决会因被告人死亡而终止执行，且不构成法律意义上的“案底”。

2. 监狱内死亡的责任问题
   若犯罪嫌疑人在羁押期间死亡，需区分死亡原因：

   • 非正常死亡（如刑讯逼供、监管过失）：相关机关可能承担行政或刑事责任，但与案底无关。
     
   • 正常死亡（如疾病）：监狱不承担责任，且因未定罪，无案底问题。

四、实务建议

1. 家属权利
   若对案件处理有异议（如认为应追究刑事责任），家属可申请检察机关监督，但需注意：死亡导致刑事程序终止，民事赔偿可通过其他途径主张。

2. 信息查询
   案底记录由公安机关保存，仅法院生效判决可录入。若需确认无案底，可向公安机关申请出具《无犯罪记录证明》。

总结：犯罪嫌疑人死亡后，因刑事程序终止且未定罪，不会留下案底。案件阶段不同，处理方式各异，但核心逻辑一致——定罪是案底形成的前提。如有进一步疑问，可直接向我咨询医疗纠纷、刑事辩护等领域问题。