凶手死亡后不会留下案底。这是因为，根据司法程序，一旦犯罪嫌疑人去世，案件的处理将依据其所在的司法阶段而有所不同，具体处理如下：

1. 在公安阶段：公安机关会撤销案件。
2. 在检察院阶段：若案件已移送至检察院，检察院则会作出不起诉决定。
3. 在法院阶段：若案件已进入法院审理阶段，法院则会作出停止审理的决定，并在有充分证据证明犯罪嫌疑人无罪时，可能作出无罪判决。

这一系列操作意味着，在法律上，对于已死亡的犯罪嫌疑人，其涉案记录不会作为案底留存。这是因为案底的留存通常是为了对犯罪嫌疑人的未来行为进行评估和参考，而犯罪嫌疑人已经死亡，则没有了未来行为的需要，因此案底也就没有了留存的意义。