结论是：在您描述的情况下，关于退赔金额应按照哪个数额来退的问题，需要结合案件的具体情况、证据以及司法机关的认定来综合判断。一般来说，退赔金额应尽可能覆盖实际损失，同时考虑认罪认罚和获得谅解的因素。
一、退赔金额的基本原则
在刑事案件中，退赔金额的基本原则是尽可能覆盖被害人的实际损失。这包括直接经济损失，如被侵占的财物价值，以及因侵占行为导致的其他合理费用。在您的情况下，涉及两个不同的金额：一是侵占的财物价值12.8万（但可能评估为25万），二是已经退还的14万。
二、不同金额的可能含义
12.8万与25万的差异：
- 12.8万可能是最初认定的侵占金额，而25万可能是经过进一步评估或鉴定后的财物价值。在刑事案件中，财物的价值往往需要通过专业的评估或鉴定来确定，以确保退赔金额的准确性。
- 如果检察院按照25万来认定退赔金额，这可能是基于更充分的证据或更专业的评估。
已退14万的情况：
- 您已经退还了14万，这显示了您的认罪态度和退赔意愿。然而，这并不意味着退赔义务已经完全履行，因为还需要考虑剩余的实际损失。
三、认罪认罚与谅解的影响
认罪认罚：
- 认罪认罚是刑事案件中的一个重要情节，它表明被告人对自己的犯罪行为有正确的认识，并愿意接受法律的制裁。在量刑时，认罪认罚通常会被视为一个从轻或减轻处罚的情节。
获得谅解：
- 获得被害人的谅解也是刑事案件中的一个有利情节。它表明被告人已经通过自己的行动（如退赔、道歉等）赢得了被害人的宽容和原谅。在量刑时，获得谅解同样会被视为一个从轻或减轻处罚的情节。
四、具体操作建议
与检察院沟通：
- 您可以与检察院进行沟通，了解他们按照25万来认定退赔金额的具体依据和理由。同时，您也可以提供自己已经退还14万的证据，以及任何能够证明实际损失小于25万的其他证据。
考虑专业评估：
- 如果对财物的价值存在争议，您可以考虑聘请专业的评估机构进行评估。评估报告可以作为与检察院协商退赔金额的重要依据。
综合考量：
- 在决定退赔金额时，除了考虑实际损失外，还需要综合考虑认罪认罚、获得谅解以及自己的经济能力等因素。一个合理的退赔方案不仅有助于解决法律问题，还有助于修复与被害人的关系。
五、可能的法律后果
- 如果退赔金额不足或拒绝退赔，可能会影响您的量刑结果，甚至可能导致更严厉的刑罚。
- 相反，如果积极退赔并获得被害人的谅解，通常会在量刑时得到一定的从轻或减轻处罚。
最后，我建议您在处理此类问题时保持与司法机关的积极沟通，并考虑聘请专业律师提供法律帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。