结论：保险公司是否有权扣除这两万元赔偿款，需根据协议性质、保险条款及法律规定综合判断，具体分以下两种情况：

1. 若协议明确为“额外补偿”且不涉及保险责任

若肇事车主与伤者签订的协议中明确约定，两万元赔偿是车主自愿额外补偿（如出于人道主义、快速和解等目的），且协议中注明“该补偿与保险公司赔付无关”“不视为对保险责任的替代”等条款，则保险公司无权扣除这两万元。
法律依据：根据《保险法》第六十五条，保险人对责任保险的被保险人给第三者造成的损害，可依照法律规定或合同约定直接向第三者赔偿。但若车主自愿承担的补偿超出保险责任范围，保险公司无权干涉。
实务建议：签订此类协议时，务必在协议中明确补偿性质（如“本补偿为车主个人行为，不影响保险公司正常赔付”），并保留协议原件作为证据。

2. 若协议被认定为“保险赔付的替代或部分替代”

若协议中未明确补偿性质，或条款表述模糊（如仅写“赔偿两万元”未区分责任来源），保险公司可能主张该两万元属于车主对保险责任的提前履行，从而在理赔时扣除相应金额。
法律依据：根据《保险法》第六十条，因第三者对保险标的的损害造成保险事故的，保险人自向被保险人赔偿保险金之日起，在赔偿金额范围内代位行使被保险人对第三者请求赔偿的权利。若车主已通过协议部分履行了赔偿义务，保险公司可能主张扣除已支付部分。
实务建议：

• 协议条款需精准：明确约定补偿性质（如“本补偿为车主个人自愿，不替代保险公司赔付责任”），避免使用“赔偿”“垫付”等易引发歧义的词汇。
  
• 保留证据链：保存协议原件、转账记录、沟通记录等，证明补偿的独立性。
  
• 及时通知保险公司：若协议涉及保险责任，建议车主在签订前与保险公司沟通，避免后续纠纷。

补充说明：保险公司常见操作逻辑

实务中，保险公司理赔时会审核车主与伤者的协议内容。若协议未明确排除保险责任，保险公司可能以“车主已履行部分赔偿义务”为由，在理赔总额中扣除两万元。例如，若伤者总损失为10万元，保险公司本应赔付10万元，但因车主已支付2万元，保险公司可能仅赔付8万元。

总结建议：签订赔偿协议时，务必通过法律专业人士审核条款，明确补偿性质，避免因表述不清导致保险公司扣款。若已签订协议且存在争议，可依据协议条款、保险合同及法律规定，通过协商或诉讼维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件处理方案。