物业公司收取业主水费时是否含税以及是否合法，需根据具体情况来判断。以下是从不同角度进行的分析：
一、物业公司受供水单位委托代收水费的情况
合法性：
- 根据《物业管理条例》第四十四条，供水单位应向最终用户收取费用。若物业服务企业接受供水单位委托代收水费，则必须按照供水单位规定的收费标准执行，不得向业主收取手续费等额外费用。这种情况下，物业公司收取水费是合法的。
税务处理：
- 若物业公司仅为代收代付，未提供任何与水费直接相关的服务，并且能够提供合法有效的凭证证明这一点，那么这部分收入通常不计入物业公司的销售额中，无需缴纳增值税。但需注意，如果物业公司选择差额计税方法，即以扣除其对外支付的自来水水费后的余额为销售额，按照简易计税方法依3%的征收率计算缴纳增值税，这也是合法的税务处理方式。
二、物业公司自行管理供水系统并收取水费的情况
合法性：
- 在某些老旧小区或特定物业项目中，若小区内部的供水系统（如二次供水设施）由物业公司负责建设、管理和维护，且因此产生了额外的运营、维修、保养等成本，物业公司可在经过相关部门批准，并按照规定的程序和标准进行收费公示后，向业主收取水费。这种情况下，物业公司收取水费也是合法的。
税务处理：
- 如果物业公司提供了与水费相关的额外服务（如水的二次加压、水质检测、维修等），则这部分收入需要视为物业公司的营业收入，并按照相应的税率（一般为9%的增值税税率，但小规模纳税人可能适用3%或减按1%的征收率）来计算和缴纳增值税。同时，物业公司取得的与水费相关的进项税额可以进行抵扣，但需注意自来水公司一般按3%征收率开具发票，因此可抵扣的进项税额可能相对较少。
三、物业公司违规收费的情况
不合法性：
- 若供水单位没有委托物业公司代收水费，而物业公司自行决定向业主收取，或者物业公司擅自提高水费价格，或以各种名义加收手续费、管理费等额外费用，均属于违法行为。业主有权拒绝，并可向供水单位或相关部门反映情况。
税务风险：
- 违规收费不仅可能导致物业公司面临行政处罚，还可能引发税务风险。例如，如果物业公司未按照规定申报和缴纳增值税，税务机关可能对其进行税务稽查，并要求补缴税款、加收滞纳金和罚款。
建议与注意事项
- 合规操作：物业公司应确保在收取水费时严格遵守相关法律法规和规定，避免违规收费和税务风险。
- 保留凭证：物业公司应保留好所有与水费收取相关的凭证和记录，以备税务部门检查。
- 及时沟通：物业公司应及时与当地税务机关沟通，了解最新的税收政策和规定，确保准确纳税和合规开具发票。
举例说明：假设某物业公司受供水单位委托代收水费，且严格按照规定标准执行。同时，该物业公司还对小区内部的二次供水设施进行了管理和维护，并经过了相关部门的批准和公示。在这种情况下，物业公司代收的水费部分无需缴纳增值税（或可选择差额计税），而管理和维护二次供水设施所产生的费用则需要按照规定的税率缴纳增值税。
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