核心结论：预付款已付但合同未写明相关条款时，可通过补充协议、交易习惯、协商或诉讼等方式解决，具体需结合实际情况选择。以下是详细分析：

1. 优先协商补充协议

• 法律依据：根据《民法典》第五百一十条，合同生效后，当事人可就质量、价款等未约定事项补充协议。
• 操作建议：立即与对方书面沟通，明确预付款金额、用途、退还条件等，并签订补充协议。例如：“双方确认，甲方已支付的XX元预付款用于XX项目，若合同未履行，乙方应在XX日内退还”。
• 风险点：若对方拒绝补充协议，需考虑其他途径。

2. 依据交易习惯或行业惯例

• 法律依据：《民法典》第十条规定，处理民事纠纷可参照习惯，但不得违背公序良俗。
• 适用场景：若双方长期合作且有固定交易模式（如预付款比例、退还规则），可主张按习惯处理。
• 证据要求：需提供过往合同、付款记录、沟通记录等证明习惯存在。

3. 协商退款或抵扣

• 直接沟通：若合同未履行，可要求对方退还预付款；若合同部分履行，可协商将预付款抵扣后续款项。
• 书面确认：无论退款或抵扣，均需通过邮件、微信等书面形式确认，避免口头约定。

4. 诉讼或仲裁途径

• 起诉条件：若对方拒绝退款且无补充协议，可向法院起诉，主张返还预付款及利息（如有）。
• 证据清单：
  1. 付款凭证（银行转账记录、收据等）；
  2. 沟通记录（证明对方承认预付款事实）；
  3. 合同草案或初步协议（如有）；
  4. 对方违约证据（如未履行合同义务）。
• 注意时效：诉讼时效为3年，自知道权利受损之日起算。

5. 预防措施（未来合同）

• 明确条款：未来合同中应写明预付款金额、支付时间、退还条件、违约责任等。
• 示例条款：“乙方逾期履行超过XX日，甲方有权解除合同并要求返还预付款，同时按日XX%支付违约金”。

总结建议：

1. 立即与对方协商补充协议，固定权利义务；
   
2. 若协商无果，收集证据准备诉讼；
   
3. 未来合同务必细化预付款条款，避免纠纷。
   

如有进一步细节（如预付款金额、合同履行情况等），可向我补充说明，我会为您定制解决方案。