针对您提出的“有包车牌没有包车合同违规拉客营运客车怎么处罚”的问题，以下是根据《道路旅客运输及客运站管理规定》的详细解答：
首先，需要明确的是，客运包车在运营过程中必须严格遵守相关规定，包括持有有效的包车客运标志牌，并按照包车客运标志牌载明的事项运行。若客运包车未持有效的包车客运标志牌进行经营，或者不按照包车客运标志牌载明的事项运行，以及招揽包车合同以外的旅客乘车，这些行为均属于违规行为。
对于此类违规行为，根据《道路旅客运输及客运站管理规定》的相关条款，县级以上道路运输管理机构将责令违规者改正，并处以1000元以上3000元以下的罚款。这一处罚措施旨在维护道路旅客运输市场的秩序，保障乘客的合法权益。
具体来说，处罚流程可能包括以下几个步骤：
调查取证：交通运输执法人员将对违规行为进行初步调查，收集相关证据材料。在调查过程中，执法人员不得少于两人，并需主动出示执法证件，确保调查的全面、客观和公正。
立案审查：对收集的证据材料进行及时审查，决定是否立案。审查过程中，将对违法事实、证据、调查取证程序、法律适用、处罚种类和幅度等方面进行全面审查，并提出处理意见。
告知与决策：在作出处理决定前，将制作相关法律文书，书面告知当事人违法事实及其享有的陈述、申辩等权利。对于重大行政处罚，还将依据相关规定进行集体讨论，并作出具体处罚内容的决策。
决定与送达：根据审理情况决定是否予以行政处罚。若依法需要给予行政处罚，将制作《行政处罚决定书》，载明违法事实和证据、处罚依据和内容、申请行政复议或提起行政诉讼的途径和期限等内容，并在规定期限内将相关法律文书送达当事人。
执行与监督：监督当事人在决定的期限内履行生效的处罚决定，执行责令停止违法行为、罚款等处罚项目。
因此，对于有包车牌但没有包车合同违规拉客营运客车的行为，相关部门将依法进行处罚，以维护道路旅客运输市场的正常秩序。希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他疑问，请随时咨询。