公司禁止员工非法同居，而员工偷着非法同居，公司应谨慎处理，一般建议通过沟通、教育、制定或援引规章制度以及必要时采取法律手段来应对。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、公司立场与规定

1. 公司规定：公司有权制定内部规章制度，包括对员工行为的规范。如果公司明确规定禁止员工在公司范围内或利用公司资源进行非法同居，那么员工应当遵守这一规定。

2. 合法性审查：公司在制定此类规定时，需确保其不违反法律法规，特别是劳动法和员工隐私权的相关规定。规定应明确、合理，且不得侵犯员工的合法权益。

二、员工行为与后果

1. 员工行为：员工偷着非法同居，首先违反了公司的规定。如果这种行为还涉及到了利用公司资源（如宿舍、办公场所等），则可能构成对公司财产的滥用。

2. 可能后果：

   • 纪律处分：根据公司的规章制度，员工可能面临警告、罚款、降职、解雇等纪律处分。
   • 法律责任：如果非法同居行为本身违反了法律法规（如涉及重婚、有配偶者与他人同居等），员工还可能承担法律责任。
   • 声誉损害：此类行为可能对员工的个人声誉和职业生涯造成负面影响。

三、公司处理方式

1. 沟通与教育：

   • 公司可以先尝试与员工进行沟通，了解其行为背后的原因，并对其进行教育，强调遵守公司规定的重要性。
   • 通过沟通，公司可以了解员工的实际需求，并考虑是否可以通过调整规定或提供其他支持来解决问题。

2. 制定或援引规章制度：

   • 如果公司已有相关规章制度，应明确告知员工其违反了哪一条规定，并按照规定进行处理。
   • 如果公司没有明确的规章制度，可以考虑制定或完善相关规定，以明确员工的行为准则和违规后果。

3. 法律手段：

   • 如果员工的非法同居行为涉及到了违法行为（如重婚、有配偶者与他人同居等），公司可以向相关部门举报，并考虑是否采取法律手段维护自身权益。
   • 在采取法律手段前，公司应咨询专业律师，确保自身行为的合法性和有效性。

四、建议与注意事项

1. 保护员工隐私：公司在处理此类问题时，应尊重员工的隐私权，避免公开或泄露员工的个人信息。

2. 公平公正处理：公司在处理员工违规行为时，应确保处理过程的公平公正，避免因处理不当而引发劳动争议或法律纠纷。

3. 完善规章制度：公司应定期审查和完善内部规章制度，确保其符合法律法规的要求，并能够有效规范员工的行为。

针对此情况，公司应首先通过沟通与教育尝试解决问题；如果无效，再依据规章制度进行处理；若涉及违法行为，则考虑采取法律手段。在整个处理过程中，公司应确保自身行为的合法性和有效性，并尊重员工的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。