当民事诉讼超过审理期限三个月时，处理方式需根据具体情况来定，以下是一些详细的建议：
一、明确审理程序及审限
首先，要明确当前案件所处的审理程序。民事诉讼审理期限分为简易程序和普通程序：
- 简易程序：审限一般为三个月。若超过三个月，通常意味着案件可能因复杂程度或其他法定事由需要转为普通程序继续审理。
- 普通程序：审限通常为六个月，特殊情况下经批准可延长。若案件已处于普通程序且超过六个月未结案，则需进一步了解是否有延长审限的法定事由。
二、分析超期原因
法院方面原因：
- 若因法院工作繁忙、案件积压或法官个人原因等导致超期，当事人可与承办法官沟通，了解案件进展及预计结案时间。
- 若沟通无果，可向法院的监督部门（如监察室、审判管理办公室等）反映情况，要求其监督案件审理，督促法官尽快审结。
当事人自身原因：
- 若因当事人未按时提交证据、未参加庭审或未履行其他诉讼义务等导致程序拖延，当事人需尽快完成相关诉讼行为，以免承担不利后果。
三、了解超期后的法律后果
- 审理中的案件：若案件仍在审理中，超期可能意味着审理效率受到影响，但一般不会直接导致案件被驳回或当事人丧失权利。不过，超期可能会使当事人的诉讼预期发生变化，心理上承受更多压力。
- 已判决的案件：若案件已判决但一方未履行判决义务，另一方可通过申请强制执行来维护权益。此时，超期三个月通常不影响申请执行权，但可能影响权利实现的及时性。
- 上诉期：若指的是上诉期，民事判决上诉期为十五日，裁定上诉期为十日。超过三个月已远超上诉期，当事人会丧失上诉权。
四、采取应对措施
- 与法官沟通：主动与承办法官联系，了解案件进展及超期原因，表达对案件尽快审结的期望。
- 向监督部门反映：若认为法院方面存在不当拖延，可向法院的监督部门反映情况，要求其介入调查并督促尽快审结。
- 准备相关证据：若因自身原因导致程序拖延，需尽快准备相关证据并完成诉讼行为。同时，若存在诉讼时效中止、中断的情形（如向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等），应收集并保留相关证据。
- 考虑法律援助：若对法律程序不熟悉或感到处理困难，可考虑寻求法律援助或咨询专业律师，以获取更专业的指导和帮助。
五、保持理性与耐心
面对民事诉讼超期的情况，当事人应保持理性与耐心。法律程序有其固有的复杂性和严谨性，超期并不一定意味着不公正或不合理。通过合法、正规的途径反映问题并推动案件依法依规尽快处理是最佳选择。