在受贿人声称对好处费数额进行了约定，而行贿人否认有约定的情况下，不能直接认定双方有约定，但可以通过其他证据和事实来推断双方是否存在约定。以下是从不同角度对此问题的分析：

一、证据规则角度

1. 直接证据缺失：

   • 在刑事诉讼中，证据的认定需要遵循严格的证据规则。若仅有受贿人的单方面陈述，而无其他直接证据（如书面协议、录音录像等）证明双方对好处费数额有约定，则不能仅凭受贿人的陈述就认定双方有约定。
   • 行贿人的否认也构成了一种证据，虽然其证明力可能因各种因素（如与受贿人的关系、案件压力等）而有所减弱，但仍需在综合考量其他证据的基础上进行判断。

2. 间接证据与推论：

   • 若存在其他间接证据（如双方之前的交易习惯、行业惯例、证人证言等），这些证据可能在一定程度上支持或反驳受贿人的陈述。
   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑所有证据，包括直接证据和间接证据，以及证据之间的关联性、一致性和矛盾点，从而作出合理的推断。

二、法律事实认定角度

1. 法律事实与客观事实的区别：

   • 法律事实是指通过法律程序认定的事实，它可能并不完全等同于客观事实。在刑事诉讼中，法院认定的事实是法律事实，即基于证据规则和法律程序所认定的事实。
   • 因此，即使受贿人声称有约定，而行贿人否认，法院也不会直接采纳受贿人的陈述作为法律事实，而是会依据证据规则进行综合判断。

2. 合理怀疑与排除：

   • 在刑事诉讼中，若存在合理怀疑，即证据不足以排除其他可能性，则法院不能认定被告人有罪。在此类案件中，若证据不足以证明双方有约定，则法院不能仅凭受贿人的陈述就认定双方存在约定。
   • 法院会要求控方提供足够的证据来证明其指控的事实，若控方无法提供足够的证据，则被告人应被视为无罪或指控不成立。

三、实践角度与建议

1. 调查取证的重要性：

   • 在此类案件中，调查取证是关键。控方和辩方都应积极收集证据，包括书面协议、录音录像、证人证言等，以证明或反驳双方是否存在约定。
   • 律师在代理此类案件时，应指导当事人如何有效收集证据，并在庭审中充分运用证据来支持自己的主张。

2. 律师的辩护策略：

   • 作为辩方律师，可以针对控方的指控提出合理的怀疑和反驳意见，指出控方证据的不足和矛盾点。
   • 同时，也可以积极收集有利于被告人的证据，如证明双方无约定的证据或证明受贿人陈述不实的证据。

综上所述，在受贿人声称对好处费数额进行了约定，而行贿人否认有约定的情况下，不能直接认定双方有约定。法院会依据证据规则和法律程序进行综合判断，并作出合理的推断。若您或您身边的人遇到此类法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。