原配和第三者签订协商赔偿协议书，其效果好坏取决于协议内容、双方目的及法律后果的考量，无法简单判定对谁更好，需分情况讨论：
对原配可能更有利的情况：
- 明确赔偿范围与金额：若协议中清晰界定了第三者需赔偿的金额（如精神损害赔偿、财产返还等）及支付方式，原配能获得明确的经济补偿，有助于弥补损失。
- 约束第三者行为：协议可约定第三者不得再干扰原配婚姻生活，如禁止联系、骚扰等，为原配提供法律保障，减少后续纠纷。
- 作为证据使用：若协议内容合法且双方自愿签署，未来在离婚诉讼或财产分割中，可作为证明第三者过错或原配损失的证据，增强原配主张的合理性。
对第三者可能更有利的情况（但需谨慎评估）：
- 避免更严重法律责任：若第三者行为已涉嫌违法（如重婚），通过协商赔偿，原配可能放弃刑事控告或更严厉的民事追责，第三者得以减轻法律后果。但需注意，此类协议不得违反法律强制性规定或公序良俗，否则可能无效。
- 快速解决纠纷：第三者可能希望通过支付一定赔偿，快速结束与原配的纠纷，避免长期纠缠或名誉受损。然而，这需以协议内容公平、合法为前提。
需特别注意的法律风险：
- 协议内容合法性：若协议涉及“封口费”、限制人身自由等违法内容，或赔偿金额显著不合理（如过高或过低），可能被法院认定无效，导致双方目的落空。
- 执行难度：即使协议合法，若第三者拒不履行，原配仍需通过诉讼等途径强制执行，增加时间与经济成本。
- 对婚姻关系的影响：原配需考虑，签订此类协议是否会加剧与配偶的矛盾，或对婚姻修复产生负面影响。
法律建议：
- 明确协议目的与内容：双方应清晰约定赔偿范围、金额、支付方式及违约责任，避免模糊条款导致后续争议。
- 咨询专业律师：协议签署前，建议双方（尤其是原配）咨询律师，确保协议合法有效，并评估潜在法律风险。
- 考虑婚姻整体解决方案：原配可结合离婚谈判、财产分割等，将赔偿协议纳入整体解决方案，以更全面地维护自身权益。
示例：若原配因第三者介入遭受精神损害，协议可约定第三者支付5万元精神损害赔偿，并承诺不再联系原配配偶。此类条款若合法且双方自愿，对原配而言能获得经济补偿与心理安慰；对第三者而言，则可能避免更严重的法律后果。但需注意，赔偿金额需合理，且不得以非法手段迫使对方签署。
总结：协商赔偿协议书的效果取决于具体条款与双方目的。原配应重点考虑赔偿的合理性、可执行性及对婚姻关系的影响；第三者则需评估协议是否能帮助其规避更严重的法律责任。建议双方在律师指导下签署协议，以确保合法有效。如有进一步疑问，可直接向我咨询。