针对您提出的“民间轻伤案件调解后可以撤案吗”这一问题，我将结合相关法律法规和司法实践，为您进行详细解答。
首先，要明确的是，由民间纠纷引发的轻伤害案件，在符合一定条件下，是可以进行调解并撤案的。这些条件主要包括：犯罪嫌疑人真心悔过，通过赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人的谅解，且被害人自愿达成和解。当双方当事人达成和解协议并履行完毕后，公安机关在经县级以上公安机关负责人批准后，可以向人民检察院提出从宽处理的建议。
具体来说，撤案的过程可能涉及以下几个阶段：
侦查阶段：在公安机关立案后、向人民检察院移送审查起诉前，如果双方当事人达成和解，公安机关可以直接撤案。这是基于我国刑事诉讼法中关于情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的情形的规定。
审查批捕阶段：如果案件已经进入审查批捕阶段，双方当事人达成和解后，检察机关可以作出不批捕决定，随后公安机关撤案。
审查起诉阶段：在审查起诉阶段，如果双方当事人达成和解，且犯罪情节轻微，无需判处刑罚，检察机关可以作出不起诉决定，并将案件退回公安机关，由公安机关撤案。
审判阶段：虽然审判阶段撤案的情况相对较少，但如果双方当事人在审判前达成和解，且符合撤案条件，法院也可以将案件退回检察机关，检察机关再退回公安机关，最终由公安机关撤案。
然而，需要注意的是，如果犯罪嫌疑人在五年之内曾经有过故意犯罪的情况，那么就不适合上述的和解撤案程序。这是因为法律对累犯或具有再犯危险性的犯罪嫌疑人采取了更为严格的刑事政策。
以您提供的案例为例，小朱与小李因民间纠纷发生冲突，小朱将小李打成轻伤。事后，小朱真心悔过，主动赔偿小李损失并诚恳赔礼道歉，小李自愿与小朱达成和解。但如果小朱在五年前曾有过故意犯罪行为，那么本案就不能简单适用和解撤案程序。
综上所述，民间轻伤案件在符合一定条件下是可以进行调解并撤案的。但具体能否撤案，还需要根据案件的具体情况、犯罪嫌疑人的犯罪记录以及双方当事人的和解意愿等因素进行综合判断。希望这个解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告诉我。