针对您提出的“学校没收了手机3年后才归还怎么办”的问题，我会从法律角度、学校管理规定以及实际操作建议三个方面为您进行详细解答。

一、法律角度

根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，所有权人对自己的不动产或者动产，依法享有占有、使用、收益和处分的权利。这意味着，学生作为手机的所有权人，有权要求学校归还其手机。如果学校长期扣留手机，并在学生毕业后才归还，这种行为可能构成对学生财产所有权的侵犯。

二、学校管理规定

学校制定手机管理规定，通常是为了维护教学秩序和学生身心健康。根据教育部办公厅发布的《关于加强中小学生手机管理工作的通知》以及学校可能制定的具体规定，学生原则上禁止将手机带入校园，或者需经家长同意并书面提出申请后，将手机交于班主任保管。然而，这些规定并不意味着学校可以无限期地扣留学生手机。

三、实际操作建议

1. 与学校沟通：

   • 首先，建议您与学校管理层或相关教师进行沟通，了解手机被没收的具体原因和学校的管理规定。
   • 表达您对手机长期被扣留的不满，并要求学校尽快归还手机。

2. 联系家长：

   • 如果与学校沟通无果，您可以联系家长，让家长与学校进行交涉。家长作为学生的监护人，有权要求学校归还学生的合法财产。

3. 寻求法律援助：

   • 如果学校仍然拒绝归还手机，您可以考虑寻求法律援助。咨询专业律师，了解您的法律权益和可能的维权途径。
   • 根据《民法典》的相关规定，您可以通过法律途径主张自己的合法权益，要求学校归还手机并赔偿可能造成的损失。

4. 向教育部门反映：

   • 如果您认为学校的行为违反了教育部门的相关规定，您可以向当地教育部门反映情况，寻求教育部门的帮助和支持。

四、注意事项

• 在与学校沟通或寻求法律援助时，请保持冷静和理性，避免情绪化的行为。
• 保留好相关证据，如手机被没收的证明、与学校沟通的记录等，以便在需要时提供证明。

综上所述，学校长期扣留学生手机并在毕业后才归还的行为可能构成对学生财产所有权的侵犯。建议您先与学校沟通，如果无果则联系家长或寻求法律援助，并可以向教育部门反映情况。希望这些建议能对您有所帮助。