司法亲子鉴定中，若女方不同意，男方不能擅自进行鉴定，但可通过合法途径寻求解决方案。以下从法律、实践及建议三个角度进行详细分析：
一、法律角度
隐私权保护：
- 亲子鉴定涉及个人隐私权，包括女方和孩子的隐私。若男方未经女方同意擅自进行鉴定，可能侵犯女方的隐私权，女方有权要求男方承担法律责任，如停止侵害、赔偿损失等。
法律程序：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条，若男方起诉至法院请求确认或否认亲子关系，并申请亲子鉴定，而女方不同意配合，法院在男方提供初步证据且女方无正当理由拒绝鉴定的情况下，可作出不利于女方的推定。但这并不意味着男方可以擅自进行鉴定，而是需通过法律程序，由法院决定是否需要进行鉴定。
二、实践角度
沟通协商：
- 在处理亲子鉴定问题时，双方应首先通过坦诚沟通和协商寻求共识。男方可以解释自己的动机和期望，了解女方拒绝的原因，并尝试寻找双方都能接受的解决方案。
寻求调解：
- 如果直接沟通无果，可以考虑邀请第三方（如亲友、社区工作者或专业调解机构）介入，协助双方进行沟通和协商。调解机构可以提供中立的意见和建议，帮助双方找到平衡点。
法律途径：
- 若沟通协商无果，且男方有充分的理由怀疑孩子的亲生关系，可以向人民法院提起诉讼，请求确认亲子关系。在诉讼过程中，法院会根据具体情况决定是否需要进行亲子鉴定。若法院决定需要进行鉴定，且女方仍拒绝配合，法院可能根据法律规定作出不利于女方的推定。
三、建议
尊重女方意愿：
- 在整个过程中，男方应尊重女方的意愿和隐私权。亲子鉴定涉及个人隐私和家庭关系，应谨慎处理，避免对女方和孩子造成不必要的伤害。
合法合规：
- 无论采取何种方式解决问题，都应确保行为合法合规。男方应遵守法律法规，尊重他人权利和尊严，以和平、理性和合法的方式解决问题。
考虑孩子感受：
- 在处理此类问题时，还应充分考虑孩子的感受和利益。亲子鉴定可能对孩子造成心理上的影响，因此应在确保孩子身心健康的前提下进行。
总结来说，若女方不同意进行司法亲子鉴定，男方不能擅自进行鉴定，而应通过沟通协商、寻求调解或法律途径来解决问题。在整个过程中，应尊重女方的意愿和隐私权，确保行为合法合规，并充分考虑孩子的感受和利益。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。