合同是生效的。针对您提出的“商铺出租给公司，合同上盖了公章和董事长签字，现董事长离职，合同是否生效”的问题，我们可以从以下几个角度进行分析：

一、合同生效的基本要素

1. 意思表示真实：合同双方在签订合同时，必须基于真实的意思表示，即双方都明确知道并同意合同的内容。
2. 内容合法：合同的内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。
3. 形式合法：对于某些特定类型的合同，如涉及不动产的租赁合同，可能需要采用书面形式，并可能需要办理相关登记手续。但在此案例中，合同已经以书面形式签订，并盖有公司公章和董事长签字，形式上符合法律要求。

二、公章和签字的法律效力

1. 公章的法律效力：公司公章是公司对外进行法律行为的重要标识，具有代表公司意志的法律效力。在合同上加盖公司公章，通常视为公司对合同内容的认可和承诺。
2. 董事长签字的法律效力：董事长作为公司的法定代表人或高级管理人员，其签字在合同上通常也具有法律效力。即使董事长后来离职，其在职期间代表公司签订的合同仍然有效。

三、董事长离职对合同效力的影响

1. 合同相对性原则：根据合同相对性原则，合同的效力仅及于合同双方，即出租方和承租方。董事长的离职并不影响合同本身的效力，因为合同是双方基于真实意思表示而签订的。
2. 公司内部变更不影响外部合同：公司内部的人事变动，如董事长的离职，属于公司内部事务，不影响公司对外签订的合同的效力。除非合同中有特别约定，或者公司能够证明董事长在签订合同时存在欺诈、胁迫等违法行为，否则合同仍然有效。

四、建议与后续行动

1. 确认合同内容：建议您再次确认合同的内容，确保双方的权利和义务都明确无误。
2. 保留相关证据：保留好合同原件、公章加盖记录、董事长签字样本等相关证据，以备不时之需。
3. 沟通协商：如果承租方对合同的履行存在疑虑或问题，建议您与承租方进行沟通协商，寻求解决方案。
4. 法律途径：如果双方无法达成一致意见，或者承租方拒绝履行合同义务，您可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起诉讼或申请仲裁。

结论：基于以上分析，我们可以得出结论，即您与公司签订的商铺租赁合同是生效的，董事长的离职并不影响合同的效力。如果您在合同履行过程中遇到任何问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会为您提供专业的法律建议和帮助。