公安机关对“三无”船舶进行行政拘留（此处实际应为没收等处罚，行政拘留一般针对人，但根据语境理解为对船舶的处罚措施）的依据主要来源于相关法律法规对“三无”船舶的定义及处罚规定。具体来说：

1. “三无”船舶的定义：

   • “三无”船舶通常指的是无船名船号、无船籍港、无船舶证书的船舶。这类船舶由于缺乏合法的身份和运营资质，往往存在较大的安全隐患，且可能被用于非法活动，如走私、偷渡等。

2. 处罚依据：

   • 《国务院对清理、取缔“三无”船舶通告的批复》（国函(1994)111号）：该批复明确了对“三无”船舶的清理和取缔要求，包括没收船舶等处罚措施。这是公安机关对“三无”船舶进行处罚的主要法律依据之一。
   • 《中华人民共和国内河交通安全管理条例》等相关法律法规：这些法规也规定了对于无证航行、非法营运等行为的处罚措施，包括罚款、没收违法所得、没收船舶等。虽然这些法规可能并未直接提及“三无”船舶，但“三无”船舶往往涉及无证航行、非法营运等违法行为，因此也适用这些法规的处罚规定。

3. 公安机关的执法权限：

   • 公安机关作为维护社会治安和打击违法犯罪的职能部门，有权对发现的“三无”船舶进行查处。在查处过程中，公安机关会依据相关法律法规的规定，对“三无”船舶进行没收、拆解等处罚措施，以消除安全隐患，维护水上交通秩序。

4. 实际案例中的执法依据：

   • 在实际执法过程中，公安机关会结合现场勘验报告、联合认定报告等证据，确认船舶是否属于“三无”船舶。一旦确认，公安机关会依据相关法律法规的规定，对涉案船舶进行没收等处罚措施。例如，在东莞市公安局沙田水上派出所的案例中，公安机关就是依据《国务院对清理、取缔“三无”船舶通告的批复》等相关规定，对涉案“三无”船舶进行了没收。

法律建议：

• 对于船舶所有人或经营人来说，应当确保船舶具备合法的身份和运营资质，避免使用或经营“三无”船舶。
• 一旦发现自己的船舶被误认为“三无”船舶或受到不公正的处罚，应当及时向公安机关提出陈述和申辩，维护自己的合法权益。
• 如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律意见。