在行政案件一审、二审遗留问题中，若行政机关作为被告，在申诉阶段继续列为被告通常是符合法律规定的，但具体需根据申诉的性质和法律规定来判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、申诉的性质与行政机关作为被告的法律依据
申诉与再审的区别：
- 申诉是当事人对已经发生法律效力的判决、裁定，认为有错误时，向人民法院或人民检察院提出的要求重新审查处理的行为。它并非一个独立的诉讼程序，而是启动再审程序的一种方式。
- 再审则是人民法院对已经发生法律效力的判决、裁定，发现确有错误，依法再次进行审理的程序。在再审程序中，原判决、裁定的当事人地位通常保持不变，即原一审、二审中的原告、被告在再审中仍保持相应地位。
行政机关作为被告的法律依据：
- 根据《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关和行政机关工作人员的行政行为侵犯其合法权益，有权依照本法向人民法院提起诉讼。在行政诉讼中，作出行政行为的行政机关是被告。
- 在申诉阶段，若申诉成功并启动再审程序，且原判决、裁定中的行政行为被认定为违法或不当，那么原作为被告的行政机关在再审中仍应作为被告。
二、申诉阶段行政机关作为被告的具体情形
对一审、二审判决不服的申诉：
- 若当事人对一审、二审判决不服，认为行政机关的行政行为违法或不当，并提起申诉要求再审，那么在再审程序中，原作为被告的行政机关仍应作为被告。
申诉后案件发回重审：
- 若申诉成功，上级法院认为原判决、裁定确有错误，将案件发回原审法院重审，那么在重审程序中，原作为被告的行政机关仍应作为被告。
申诉后改变原判决、裁定：
- 若申诉成功并启动再审程序，再审法院认为原判决、裁定确有错误并予以改变，那么改变后的判决、裁定中涉及的行政机关（若与原被告一致）仍应作为被告（或根据改变后的内容确定新的被告）。但在此情况下，更关注的是再审法院对原行政行为的重新审查和判断。
三、特殊情况下的考虑
申诉主体与被告资格的变化：
- 在某些特殊情况下，如申诉主体发生变化（如原原告死亡或丧失诉讼能力，其继承人或法定代理人继续申诉），或行政机关因机构改革等原因被撤销或合并，此时需要根据法律规定和实际情况来确定新的被告。
申诉不影响原判决、裁定的执行力（在未被撤销前）：
- 申诉期间，原判决、裁定通常仍具有执行力（除非依法被中止执行）。因此，在申诉阶段，原作为被告的行政机关仍需履行原判决、裁定中的相关义务（若涉及执行）。但这并不直接影响其在申诉阶段作为被告的资格。
四、法律建议
- 对于申诉人：若认为行政机关的行政行为违法或不当，并希望在申诉阶段继续将行政机关列为被告，应确保申诉材料充分、有力，以支持其主张。同时，应关注申诉的进展和法院的通知，及时参与再审程序。
- 对于行政机关：若作为被告在申诉阶段被继续列为被告，应积极应诉，提交相关证据和法律依据，以维护其行政行为的合法性和合理性。同时，应关注再审程序的进展和法院的判决结果，及时履行相关义务或采取相应措施。