针对以公司名义承包项目，实际为股东之间合伙经营，发生纠纷后的法律关系认定问题，结论如下：

1. 公司名义与实际经营行为的区分：

   • 公司名义：从外部视角看，项目是以公司名义承包的，这意味着公司作为法律主体，对外承担合同责任和义务。公司具有独立的法人资格，其民事行为能力由公司章程和法律规定界定。
   • 实际经营行为：若项目实际由股东之间合伙经营，即股东们以个人或共同的名义，实际参与项目的决策、管理和收益分配，这构成了公司内部的一种特殊经营模式。这种模式下，股东之间的权利义务关系可能超越了公司法的常规框架，更接近于合伙关系的特征。

2. 法律关系认定的关键因素：

   • 合同关系：首先，需审查承包合同，明确合同双方（公司与客户）的权利义务。公司作为合同一方，应履行合同约定的义务，否则需承担违约责任。
   • 股东协议：其次，股东之间的合伙经营行为，若存在书面或口头的股东协议，该协议将成为认定股东之间法律关系的重要依据。协议中应明确股东的出资比例、利润分配、亏损承担、决策机制等关键条款。
   • 实际履行情况：实际履行情况也是认定法律关系的重要参考。包括股东是否实际参与项目管理、资金投入、收益分配等。若股东实际履行了合伙经营的行为，且该行为与公司名义下的承包项目紧密相关，则可能构成事实上的合伙关系。

3. 可能产生的法律后果及建议：

   • 公司责任：若项目出现纠纷，公司作为合同一方，首先需对外承担责任。但公司可在承担责任后，依据股东协议或公司章程，向相关股东追偿。
   • 股东责任：若股东之间的合伙经营行为被认定为有效，则股东之间需按照协议约定承担责任。若协议未约定或约定不明，则可能依据《合伙企业法》或相关司法解释，按照出资比例或实际贡献承担责任。
   • 建议：
     • 完善股东协议：股东之间应签订详细的股东协议，明确各自的权利义务，避免纠纷发生时无法可依。
     • 保持公司独立性：尽管项目实际由股东合伙经营，但公司应保持其独立性，确保公司财务、决策等与股东个人行为相分离，以降低法律风险。
     • 及时咨询专业律师：在发生纠纷时，应及时咨询专业律师，了解自身权利义务，制定合理的维权策略。

4. 特殊情况下的法律关系认定：

   • 若股东行为构成表见代理：即股东以公司名义对外行为，使第三人相信其有代理权，且第三人善意无过失，则公司可能需承担股东行为的法律后果。但公司可在承担责任后，向股东追偿。
   • 若股东行为构成职务行为：即股东在执行公司职务过程中造成的损害，由公司承担责任。但同样，公司可在承担责任后，依据内部规定或协议向股东追偿。

总结：以公司名义承包项目，实际为股东之间合伙经营，发生纠纷后的法律关系认定需综合考虑合同关系、股东协议、实际履行情况等因素。股东之间应签订详细的协议，明确各自的权利义务，并在发生纠纷时及时咨询专业律师。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。