医院让患者签署自费协议，在合法、公平、透明的基础上是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

合法性基础

1. 医疗服务的特殊性：医疗服务涉及患者的生命健康，具有高度的专业性和特殊性。医院在提供医疗服务时，有权根据自身的运营成本、医疗资源等因素来制定收费标准和协议条款。
2. 患者的自主选择：患者作为医疗服务的消费者，有权了解并选择适合自己的医疗服务项目及费用支付方式。自费协议的签署，正是患者行使自主选择权的一种体现。

合法自费协议的要件

一份合法有效的自费协议，应当满足以下条件：

1. 合法性：协议内容不得违反国家法律法规，如《消费者权益保护法》、《医疗纠纷预防和处理条例》等。
2. 公平性：协议条款应当公平合理，不得存在显失公平的情况。例如，自费项目的价格应当合理，不得过高或过低。
3. 透明性：协议应当明确自费项目的范围、价格、支付方式等关键信息，让患者充分了解并自愿签署。医院在签署协议前，应当向患者详细解释协议内容，确保患者知情并同意。

违法自费协议的情形

如果医院在签署自费协议过程中存在以下违法行为，那么该协议可能会被认定为无效：

1. 欺诈：医院故意隐瞒或歪曲事实，诱使患者签署不利于自己的协议。例如，医院可能夸大自费项目的疗效或必要性，以骗取患者的信任。
2. 胁迫：医院以威胁、恐吓等手段迫使患者签署协议。例如，医院可能以不提供医疗服务为威胁，要求患者签署自费协议。

法律建议

1. 仔细阅读协议：在签署自费协议前，患者应当仔细阅读协议内容，确保自己了解并同意协议条款。如有疑问，应当及时向医院咨询并要求解释。
2. 保留证据：患者应当保留好签署的自费协议及相关医疗文件，以备不时之需。如发生医疗纠纷，这些证据将有助于维护患者的合法权益。
3. 寻求法律帮助：如果患者在签署自费协议过程中遇到违法行为或发生医疗纠纷，应当及时寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供合同纠纷、医疗医患等方面的法律咨询和诉讼服务。

可能的法律后果

1. 协议无效：如果自费协议存在违法行为，如欺诈、胁迫等，那么该协议可能会被认定为无效。患者有权要求医院退还已支付的费用，并可能获得相应的赔偿。
2. 医疗纠纷处理：如发生医疗纠纷，患者可以根据《医疗纠纷预防和处理条例》等相关法律法规，通过协商、调解、诉讼等途径解决纠纷。在处理过程中，自费协议的合法性和有效性将成为重要的考量因素。

医院让患者签署自费协议在合法、公平、透明的基础上是合法的。但患者在签署协议时应当仔细阅读协议内容，确保自己了解并同意协议条款。如有疑问或遇到违法行为，应当及时寻求法律帮助。如果您在此方面有任何法律问题，可以直接向我咨询。