针对您提出的“农村自建房一户共5人共同财产，法院只执行一人的财产该怎么执行”的问题，这是一个涉及法律执行程序和共有财产处理的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：

一、执行依据与条件

首先，根据《中华人民共和国民事诉讼法》及相关司法解释，当发生法律效力的民事判决、裁定确定被执行人应履行义务，而其拒绝履行时，对方当事人可以向人民法院申请执行。对于农村自建房这类不动产，同样适用此执行程序。但执行需满足一定条件，特别是当该房屋为共有财产时：

1. 非生活必需住房：如果农村自建房不是被执行人及其所扶养家属生活所必需的居住房屋，法院可以依法进行强制执行。
2. 被执行人有其他不当行为：例如，被执行人为逃避债务而转让其名下其他房屋，导致该农村自建房成为其唯一住房的，法院在保障被执行人及其家属基本居住权的前提下，也可以强制执行该房屋。

二、共有财产的执行方式

在您的案例中，农村自建房为5人共有财产。当法院需要执行其中一人的财产份额时，可以采取以下方式：

1. 协商一致拍卖：5人可先协商一致，将共有房产拍卖，所得款项按各自份额分配。这是最为和平且高效的方式，但需要所有共有人达成一致。
2. 法院强制拍卖：若协商不成，债权人可向法院申请，由法院对房产中被执行人的份额进行强制拍卖。执行中会保障其他共有人优先购买权，拍卖款按份额分配。
3. 部分共有人取得房产：也可由部分共有人取得房产，按份额对其他共有人折价补偿，以实现执行目的。这种方式需要共有人之间进行协商，并达成一致意见。

三、执行程序

1. 申请与受理：申请人需向法院提交强制执行申请书，并提供相关证据材料，如判决书、裁定书等。法院在收到申请后，会对申请进行审查，确认申请是否符合法律规定以及是否属于本院管辖。
2. 发出执行通知书：法院受理申请后，会向被执行人发出执行通知书，要求被执行人在规定期限内履行义务。被执行人如有异议，可在规定期限内提出复议申请。
3. 采取强制措施：如被执行人未在规定期限内履行义务，法院可采取强制措施，包括查封、扣押、冻结被执行人的财产。对于农村自建房，法院可以依法进行查封，并张贴封条或公告。查封后，如被执行人仍未履行义务，法院可对该房屋中被执行人的份额进行拍卖、变卖或抵债。
4. 执行完毕与结果反馈：执行完毕后，法院会将执行结果及时函复申请人。如在规定期限内未执行完毕，法院也会将执行情况函告申请人。

四、执行中的特殊保护与注意事项

1. 居住权保障：即使农村自建房是被执行人的唯一住房，法院在强制执行时也需要为被执行人及其家属提供必要的居住保障。例如，申请执行人可能需要按照当地廉租住房保障面积标准为被执行人提供住房，或者同意从房屋的变价款中扣除一定租金给被执行人用于租房等。
2. 流转范围限制：由于农村宅基地的所有权归集体所有，宅基地上房屋的流转一般只能在本集体组织内部进行。因此，在强制执行过程中，竞买人受到较大限制，只能是该集体经济组织内符合宅基地分配条件的成员。
3. 权利份额认定：宅基地房屋大多为家庭共有财产，而非被执行人个人所有。在执行时，需要先确定被执行人在该房屋中的具体份额，这一过程可能需要另行诉讼来解决。

综上所述，执行被执行人在农村自建房中的财产份额需要遵循严格的法定程序，并充分考虑被执行人及其家属的基本生活需求。在执行过程中，法院会依法采取强制措施，并保障当事人的合法权益。如果您或您的家人面临此类问题，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。