在转包合同过程中又签订了协议，是否可以主张合同和协议都无效，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：
一、转包合同本身的无效情形
违反法律禁止性规定：
- 根据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条，承包人不得将其承包的全部建设工程转包给第三人，也不得将工程支解后以分包名义分别转包。若转包合同违反了这一规定，那么该转包合同将被认定为无效。
转包给无资质单位：
- 同样依据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条，禁止承包人将工程分包给不具备相应资质条件的单位。若转包合同中的受让方不具备相应资质，该转包合同也将被认定为无效。
二、后续签订协议的无效情形
协议内容违法：
- 如果后续签订的协议内容违反了法律法规的强制性规定，如恶意串通损害他人利益、规避税收等，那么该协议将被认定为无效。
协议与转包合同的关系：
- 如果后续签订的协议是对转包合同的补充或变更，且转包合同本身无效，那么该协议也可能因缺乏合法基础而被认定为无效。但若协议内容独立于转包合同，且本身不违反法律法规，则可能单独有效。
三、主张合同和协议都无效的法律后果及建议
法律后果：
- 若合同和协议都被认定为无效，根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
建议：
- 审查合同和协议内容：首先，应仔细审查转包合同和后续签订协议的内容，确定是否存在违反法律法规的强制性规定或恶意串通损害他人利益等情形。
- 收集证据：若主张合同和协议都无效，应收集相关证据，如转包合同、后续签订的协议、双方沟通记录、资质证明等，以证明合同和协议的无效性。
- 寻求法律帮助：在处理此类纠纷时，建议及时咨询专业律师，以确保合法权益得到有效保护。律师可以根据具体情况提供法律意见，并协助制定诉讼策略。
举例说明：
假设在一个建设工程中，承包人A将工程全部转包给无资质的承包人B，并签订了转包合同。后来，双方又签订了一份协议，对转包费用进行了调整。在此情况下，由于转包合同违反了《中华人民共和国民法典》第七百九十一条的规定，将被认定为无效。而后续签订的协议，如果其内容仅是对转包费用的调整，且本身不违反法律法规，则可能单独有效。但如果协议内容涉及其他违法情形，如恶意串通损害发包人利益，则该协议也将被认定为无效。
综上所述，是否可以主张合同和协议都无效，需根据具体情况进行判断。在处理此类纠纷时，应仔细审查合同和协议内容，收集相关证据，并及时咨询专业律师。