调解协议在法院以并非形成平等民事主体为由驳回起诉后，其效力需分情况讨论：

1. 调解协议本身的有效性不受法院驳回起诉直接影响

调解协议是双方自愿达成的，只要其内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，且双方具有相应的民事行为能力，该协议在双方之间通常是有效的。法院驳回起诉，并不意味着调解协议本身无效或失去法律效力。它只是表明，在当前情况下，法院认为该案件不属于其受理范围或不符合起诉条件，因此没有对调解协议的内容进行实质性审查。

1. 若调解协议涉及非平等民事主体，可能影响其执行力

   • 若调解协议的一方或双方并非平等民事主体（例如，一方是行政机关，另一方是普通公民或企业，且协议内容涉及行政职权或行政义务），则该协议可能因主体不平等而面临执行力上的挑战。在这种情况下，即使协议本身在形式上有效，也可能因为主体身份的不平等而难以通过民事诉讼程序强制执行。
   • 若调解协议内容违法或违背公序良俗，则无论主体是否平等，该协议都可能被认定为无效。此时，法院驳回起诉可能只是程序上的处理，而协议无效则是实体上的判断。

2. 建议采取的措施

   • 确认协议内容合法性：首先，应仔细审查调解协议的内容，确保其不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。
   • 考虑协议执行方式：如果协议涉及非平等民事主体，且希望确保其执行力，可以考虑通过其他途径（如行政复议、行政诉讼等）来寻求救济。
   • 重新协商或诉讼：如果认为法院驳回起诉的理由不充分或存在误解，可以在符合起诉条件的情况下，重新向法院提起诉讼。或者，如果双方愿意，也可以再次进行协商，尝试达成新的调解协议。

举例说明：

假设甲（普通公民）与乙（某行政机关）因土地使用权问题达成调解协议。后甲向法院起诉，要求确认调解协议效力并强制执行。法院以甲与乙并非平等民事主体为由驳回起诉。此时，调解协议在甲与乙之间仍然是有效的（假设内容合法），但由于主体不平等，甲可能难以通过民事诉讼程序强制执行该协议。甲可以考虑通过行政复议或行政诉讼等途径来寻求救济。

总结与建议：

调解协议在法院驳回起诉后的效力取决于多种因素，包括协议内容、主体身份等。如果遇到类似情况，建议首先确认协议内容的合法性，然后考虑通过其他途径来确保协议的执行力。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。