历史遗留污染治理工程补偿缺失是否合法，不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 从法律责任角度

• 若存在明确的法律责任主体：根据《中华人民共和国环境保护法》及相关污染防治法规，污染治理的责任通常归属于造成污染的单位或个人。若历史遗留污染有明确的责任主体（如原污染企业），且该主体未履行治理义务，导致补偿缺失，则这种缺失是不合法的。责任主体应承担治理费用，包括可能的补偿责任。
• 若责任主体不明确或已灭失：对于历史遗留污染，可能存在责任主体不明确（如污染行为发生在多年前，相关企业已注销）或责任主体无力承担治理费用的情况。此时，政府可能根据公共利益需要，通过财政资金或其他方式介入治理，但补偿缺失是否合法需看具体政策或法律规定。若政府未依法履行相关职责，也可能构成不合法。

2. 从政策与规划角度

• 政策支持与资金安排：政府可能出台相关政策，支持历史遗留污染治理工程，包括资金补助、税收优惠等。若政策明确规定了补偿机制，但实际执行中缺失，则可能涉及政策执行不到位的问题，属于不合法或违规行为。
• 规划与实施：污染治理工程通常需纳入地方环保规划或专项规划。若规划中明确了补偿措施，但实施中未落实，则可能违反规划要求，构成不合法。

3. 从合同与协议角度

• 若存在治理合同或协议：在历史遗留污染治理中，可能涉及政府与企业、第三方治理机构等签订的合同或协议。若合同或协议中明确规定了补偿条款，但一方未履行，则构成违约，补偿缺失是不合法的。
• 合同或协议的合法性：需审查合同或协议的内容是否合法、有效。若合同或协议本身存在违法条款（如补偿标准低于法定最低标准），则补偿缺失可能因合同无效而无法直接认定为不合法，但需通过法律途径解决合同争议。

4. 从公平与正义角度

• 受影响方的权益：历史遗留污染可能对周边居民、环境等造成长期影响。若补偿缺失导致受影响方的合法权益受损，且无法通过其他途径获得救济，则从公平与正义角度，这种缺失是不合理的，可能涉及法律上的救济需求。
• 社会公共利益：污染治理工程往往涉及社会公共利益。若补偿缺失导致治理工程无法顺利推进，影响环境改善和公共健康，则可能引发社会关注，甚至需要法律干预。

法律建议

• 核实责任主体：首先需明确历史遗留污染的责任主体，判断其是否应承担治理及补偿责任。
• 审查政策与规划：了解地方政府是否出台相关政策或规划，明确补偿机制及实施情况。
• 审查合同与协议：若存在治理合同或协议，需审查其内容及履行情况，判断是否存在违约行为。
• 寻求法律救济：若认为补偿缺失不合法，且自身权益受损，可通过行政复议、行政诉讼或民事诉讼等途径寻求法律救济。

如有具体案例或进一步疑问，可直接向我咨询，我将结合实际情况提供更详细的法律分析。