结论前置：公司国庆节仅发放3天工资是否违法，需结合具体情况判断。若这3天为法定节假日（10月1日、2日、3日）且公司未安排加班，则仅发放这3天工资不违法；但若公司安排了法定节假日加班却未支付300%的工资，或错误地将调休日视为法定节假日而不支付工资，则属于违法行为。

一、法定节假日与工资支付规定

根据《全国年节及纪念日放假办法》第二条，国庆节法定放假天数为3天，即10月1日、2日、3日。这三天是所有公民都有权休假的法定节日，公司应确保员工在这三天得到休息。若公司未安排员工在这三天加班，则只需支付这三天的基本工资，无需额外支付加班费。

二、加班工资支付规定

1. 法定节假日加班：

   • 若公司在国庆节法定节假日（10月1日至3日）期间安排员工加班，根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条第（三）项的规定，公司必须按照不低于员工本人日工资或小时工资的300%支付加班工资。
   • 举例：若员工日工资为200元，则法定节假日加班一天应支付600元加班工资。

2. 调休日加班：

   • 国庆节期间，除了法定节假日的3天外，通常还会有调休日（如通过调整周末休息日形成的连休假期中的其他天数）。若公司在调休日安排员工加班且不能安排补休的，则应按照不低于员工本人日工资或小时工资的200%支付加班工资。
   • 举例：若员工日工资为200元，则调休日加班一天应支付400元加班工资（若不能安排补休）。

三、公司可能存在的违法行为

1. 未支付法定节假日加班工资：

   • 若公司安排了员工在法定节假日加班，却未按300%的标准支付加班工资，则属于违法行为。

2. 错误计算工资：

   • 若公司错误地将调休日视为法定节假日，从而未支付或未足额支付调休日的加班工资（若安排加班且不能补休），也属于违法行为。
   • 举例：公司误将10月4日（调休日）视为法定节假日，未支付员工该日的加班工资（若安排加班且不能补休），则违反了法律规定。

四、员工权益保护与建议

1. 了解自身权益：

   • 员工应了解自己在法定节假日和调休日的休息权及加班工资支付标准。

2. 收集证据：

   • 若遇公司违反相关规定，员工应收集好相关证据，如劳动合同、考勤记录、加班通知、工资条等。

3. 依法维权：

   • 员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司依法支付加班工资及补足假期天数（若适用）。

总结：公司国庆节仅发放3天工资是否违法，需结合是否安排了法定节假日加班及是否依法支付了加班工资来判断。员工应了解自己的权益，并在权益受损时及时维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。