车辆作为作案工具会被依法扣押，并可能随案件移送司法机关处理，最终根据判决结果可能被没收或返还。以下是具体分析：

1. 车辆作为作案工具的性质
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。
   若车辆是专门用于盗窃苞谷的工具（如改装车辆、运输赃物车辆），则属于“供犯罪所用的本人财物”，司法机关可依法没收。

2. 车辆处理流程

   • 扣押阶段：公安机关在侦查阶段可依法扣押涉案车辆，作为证据保存。
     
   • 移送审查：案件移送检察院后，车辆会随案卷一并移送，检察院需在起诉书中明确车辆性质（如作案工具）。
     
   • 法院判决：若法院认定车辆为作案工具，会判决没收；若认为与犯罪无关（如车主不知情被借用），则可能返还。

3. 例外情形

   • 车主不知情：若车辆被他人盗用或骗用实施盗窃，车主可提供证据（如报警记录、车辆使用记录）证明无过错，车辆可能被返还。
     
   • 价值与犯罪不成比例：若车辆价值远超盗窃所得（如用豪车偷少量苞谷），法院可能酌情返还，但需结合具体案情判断。

建议：若您或他人涉及此类情况，需尽快委托律师介入，通过提交车辆权属证明、使用记录等证据，争取车辆返还或减轻处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件应对策略。