结论前置：以物抵债协议中涉及合法部分与违建部分时，合法部分可依法办理过户，违建部分无法过户且可能面临行政处罚，需通过合法途径解决违建问题后再行处理。以下是具体分析：

1. 合法部分：可依法过户，但需满足条件

• 以物抵债协议的效力：根据《民法典》第143条，若以物抵债协议系双方真实意思表示、不违反法律强制性规定或公序良俗，则协议合法有效。合法部分（如符合规划的房屋、土地使用权等）可按协议约定过户。
• 过户流程：需携带抵债协议、产权证明、身份证明等材料，至不动产登记中心办理过户。若涉及抵押或查封，需先解除相关权利限制。
• 风险提示：若违建部分与合法部分不可分割（如同一栋建筑中部分违建），过户可能受阻，需先处理违建问题。

2. 违建部分：无法过户，且可能面临行政处罚

• 违建的法律定性：根据《城乡规划法》第64条，未取得建设工程规划许可证或未按许可建设的建筑，属违法建筑，无法办理产权登记或过户。
• 行政后果：违建可能被责令限期拆除、罚款或没收违法所得。若以物抵债协议中包含违建部分，该部分约定可能因违反法律强制性规定而被认定无效。
• 实务建议：过户前应委托专业机构对房产进行合法性审查，明确违建范围及整改可能性。若违建可整改，需先补办规划手续或拆除违建后，再办理合法部分的过户。

3. 综合处理方案

• 分步处理：
  
  1. 协商分割：与抵债方协商，将合法部分与违建部分在协议中明确分割，仅就合法部分办理过户。
     
  2. 整改违建：若违建可整改，委托设计单位出具整改方案，补办规划许可后，再行过户。
     
  3. 诉讼救济：若对方拒绝配合，可起诉要求确认合法部分所有权，并排除违建部分对过户的妨碍。
• 风险防范：在以物抵债协议中明确约定违建部分的处理方式（如拆除责任、费用承担等），避免后续纠纷。

温馨提示：以物抵债涉及复杂法律关系，建议过户前委托律师对房产进行尽职调查，确保合法合规。若有进一步疑问，可直接向我咨询。