在非机动车与机动车发生交通事故，且机动车承担次要责任的情况下，机动车的修车费用1540元，一般应按照责任比例由双方分担，非机动车方需承担大部分费用，机动车方承担小部分费用。 具体分析如下：
一、责任分担原则
根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条的规定，机动车与非机动车驾驶人、行人之间发生交通事故，非机动车驾驶人、行人没有过错的，由机动车一方承担赔偿责任；有证据证明非机动车驾驶人、行人有过错的，根据过错程度适当减轻机动车一方的赔偿责任。在您描述的情况中，机动车承担次要责任，意味着非机动车方存在主要过错，因此非机动车方应承担大部分的修车费用。
二、具体分担比例
一般原则：在大多数情况下，当非机动车作为主要责任方，而机动车则为次要责任方时，双方均需按照各自所负责任的比例来支付相应的车辆维修费用。非机动车方将负担绝大部分的修复费用，而机动车方只需要支付相对较少的金额。具体到您的案例，如果修车费用为1540元，且责任比例已经确定（例如非机动车方承担70%责任，机动车方承担30%责任），则非机动车方应承担约1078元（1540元×70%），机动车方应承担约462元（1540元×30%）。但机动车方已承担次要责任，意味着其自身损失（包括修车费）原则上应自行承担一部分，不过在实际操作中，这部分费用往往会根据责任比例由双方分担，或者通过保险途径解决。
保险赔偿：如果机动车方购买了车辆损失险等商业保险，那么修车费用中的一部分或全部可能由保险公司承担。具体来说，保险公司会根据保险合同的约定和事故责任比例，来决定是否赔偿以及赔偿的金额。如果保险赔偿足够覆盖机动车方的修车费用，那么机动车方实际上可能不需要自己承担费用。
特殊情况：如果事故中存在特殊情况，如非机动车方故意碰撞机动车等，那么责任分担可能会有所不同。但在您描述的情况中，并未提及此类特殊情况，因此可以按照一般原则进行处理。
三、建议与后续行动
与对方协商：首先，您可以尝试与非机动车方进行协商，就修车费用的分担比例达成一致意见。这有助于快速解决纠纷，避免不必要的法律程序。
通过保险途径解决：如果机动车方购买了相关保险，可以及时联系保险公司，按照保险合同的约定进行理赔。
寻求法律帮助：如果协商无果或保险理赔存在问题，您可以考虑寻求法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供法律咨询和代理服务，帮助您维护合法权益。
在处理此类交通事故时，请务必保持冷静和理性，按照法律法规和程序进行操作。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。