非法经营烟草案件中，上家和下家作为共同犯罪人，法院一般会一起审理，但特殊情况下也可能分开审理。以下是对此问题的详细分析：

一、一般情况下会一起审理

在非法经营烟草的共同犯罪案件中，检察院通常会将上家和下家（即主犯和从犯）一并起诉至法院。法院为了全面查明案件事实、准确认定各被告人在犯罪中的作用和责任，会进行合并审理。这种审理方式有助于保障各被告人的权利平等，便于控辩双方对所有被告人进行举证、质证和辩论，也有利于法庭综合考量各被告人的行为，从而准确定罪量刑。

举例说明：假设甲是非法经营烟草的上家，负责提供货源；乙和丙是下家，负责销售。甲、乙、丙三人共同构成非法经营罪的共同犯罪。在案件审理过程中，检察院会将甲、乙、丙三人一并起诉至法院，法院会进行合并审理。

二、特殊情况下可能分开审理

尽管一般情况下会合并审理，但在某些特殊情形下，法院也可能会选择分开审理。这些特殊情形包括但不限于：

1. 部分被告人未到案：如果上家或下家中的部分被告人因故未能到案（如因病住院、在逃等），法院可能会先对到案的被告人进行审理，待未到案的被告人到案后再进行审理或另行处理。
2. 案件情况复杂：如果案件涉及多个犯罪环节、多个犯罪地点或存在其他复杂情况，法院为了更清晰地查明事实、认定责任，也可能会选择分开审理。

举例说明：在上述甲、乙、丙的案例中，如果乙因突发重病住院无法按时出庭，法院可能会先对甲和丙进行审理，待乙康复后再对乙进行审理或根据案件情况决定是否将乙的案件与甲、丙的案件合并审理。

三、法律建议

1. 积极配合调查：无论是上家还是下家，在面临非法经营烟草的指控时，都应积极配合司法机关的调查工作，如实陈述事实、提供证据。
2. 寻求专业法律帮助：由于非法经营烟草案件涉及复杂的法律问题和证据认定，建议当事人及时寻求专业律师的法律帮助，以维护自己的合法权益。
3. 关注案件进展：当事人应密切关注案件的进展情况，及时了解法院的审理安排和判决结果，以便做好相应的应对准备。

如果您或您身边的人涉及非法经营烟草的案件，有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。