工程总承包合同中，二次设计是否再计算设计费，需依据合同具体约定来确定。以下从不同角度为您详细分析：
一、合同有明确约定的情况
若合同明确包含二次设计费：
- 在工程总承包（EPC）合同中，设计费通常会包含在工程总承包单位的范围内，这几乎毫无争议。如果合同明确规定了二次设计费已包含在总承包费用中，那么就不需要再额外计算设计费。
- 例如，某些项目的合同中会明确说明：“合同估算价约XX万元，含设计费、工程设备材料采购费、施工费及相关配套服务等所有费用。”这种情况下，二次设计费自然包含在内。
若合同明确不包含二次设计费或需另行约定：
- 如果合同中明确指出二次设计费不包含在总承包费用中，或者需要另行协商确定，那么就需要根据实际情况来支付设计费。
- 这种情况下，建设单位、施工总承包单位或专业分包单位等可能需要另行协商确定支付主体及费用标准。
二、合同无明确约定或约定不明确的情况
通常认为专业工程暂估价不包含设计费：
- 在一些施工总承包合同中，特别是涉及专业暂估工程时，如果合同没有明确约定二次设计费是否包含在内，通常认为专业工程暂估价不包含设计费。
- 这种情况下，幕墙设计费等二次设计费用需根据实际情况，由相关方另行协商确定。
参考行业惯例和初步设计概算：
- 如果合同没有明确约定，可以参考行业惯例和初步设计概算。例如，如果初步设计概算中只设置了一项设计费，并没有设置专项设计费项目，那么可能需要进一步分析施工图设计合同及金额、设计任务书等文件，以确定设计费是否包含所有设计内容。
- 同时，也要考虑是否存在概算中设计费预留不足或建设单位直接将概算中设计费作为招标控制价进行施工图设计招标导致的施工图设计费过高问题。
三、法律建议与预防措施
明确合同条款：
- 建设单位在签订合同时，应明确二次设计费是否包含在总承包费用中，以避免后续纠纷。
- 对于施工总承包合同内的专业暂估工程，如计划由施工总承包负责设计和施工，就要在专业工程暂估价中考虑二次专项设计费并注明包含设计费，或者设置专项设计服务费暂估价。
做好初步设计概算：
- 建设单位应在初步设计概算中考虑全部施工图设计费用，包括二次设计费用，以确保设计费的充足性。
- 同时，要做好设计招标策划，在设计招标文件、设计合同、设计任务书、施工图设计说明中明确二次设计范围，并确保设计费与各文件中设计范围一致。
及时协商与沟通：
- 在合同履行过程中，如果发现二次设计费用问题，相关方应及时协商与沟通，以达成一致意见并避免纠纷。
总之，工程总承包合同中二次设计是否再计算设计费，主要取决于合同的约定。因此，在签订合同时，各方应明确约定相关费用，以避免后续纠纷。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。