核心前提：在合同纠纷中，原告向被告开具了两个单位的发票，可能涉及发票合规性、合同履行、税务责任及纠纷解决等多个法律层面的问题。

结论前置：

1. 若发票开具符合合同约定及税务规定：需确认合同是否明确允许分开发票或变更开票单位，若合同无禁止性条款且税务申报合规，则发票本身不构成违约或违法，但需保留合同、沟通记录等证据，避免被告以“发票不合规”为由抗辩。
   
2. 若发票开具违反合同约定或税务规定：
   
   • 合同层面：被告可能主张原告未完全履行合同义务（如未按约定主体开票），要求减少付款、赔偿损失或解除合同。此时需分析合同条款是否明确开票主体、金额分配等细节，若条款模糊，可能需通过补充协议或交易习惯解释。
     
   • 税务层面：若开票单位与实际交易主体不符（如虚构交易、虚开发票），可能涉及偷逃税款，税务机关可追缴税款、加收滞纳金，甚至处罚款或刑事责任。原告需立即纠正错误，重新开具合规发票，并主动向税务机关说明情况。
     
3. 纠纷解决建议：
   
   • 协商补救：优先与被告沟通，说明开票原因（如内部财务调整、系统错误等），协商更换发票或补充协议，避免矛盾升级。
     
   • 证据固定：保存合同、发票、沟通记录（邮件、微信等）、付款凭证等，证明交易真实性及开票合理性。
     
   • 法律程序：若协商无果，需在诉讼中举证证明开票行为未损害被告权益（如未导致重复纳税、未影响合同目的实现），或主张被告已接受发票（如已抵扣税款、未在合理期限内提出异议）。
     

风险提示：

• 被告可能以“发票不合规”为由拒付货款或主张违约责任，需提前准备反驳证据。
  
• 若涉及虚开发票，即使无主观故意，也可能被税务机关认定为违法行为，需尽快整改。
  

行动建议：

• 立即核查合同条款及税务申报记录，评估风险等级。
  
• 根据风险程度，选择协商、补充协议或法律程序解决。
  
• 如有疑问，可直接向我咨询具体操作方案。