结论是：在符合一定条件的情况下，子公司具有独立法人资格，与子公司签订协议后，钱是可以转给总公司的，但需确保操作合法合规，避免法律风险。 以下从不同角度进行分析：
一、子公司独立法人资格的法律意义
子公司作为独立法人，拥有独立的财产权、经营权和诉讼权。这意味着子公司能够独立承担民事责任，其财产与母公司（总公司）的财产是相互独立的。因此，从法律层面讲，子公司签订协议后，其资金流动应遵循合同约定和法律规定，不能随意将资金转给总公司。
二、资金转账的合法性分析
合同约定：如果与子公司签订的协议中明确规定了资金可以转给总公司，或者双方后续达成了补充协议，明确了资金转账的条款，那么这种转账行为是合法的。但务必确保协议内容合法、合规，且不违反公序良俗。
内部调拨：在某些情况下，总公司可能出于资金管理、业务协同等考虑，需要对子公司的资金进行内部调拨。这种调拨行为如果符合公司章程、内部管理制度以及相关法律法规的规定，且经过了必要的决策程序（如董事会决议、股东会决议等），那么也是合法的。但需注意，内部调拨不能损害子公司的独立法人地位和债权人的利益。
违法转账的风险：如果未经合法程序，擅自将子公司的资金转给总公司，可能构成违法抽逃出资、挪用资金等行为，将面临法律制裁，包括但不限于罚款、没收违法所得、责令改正等，甚至可能涉及刑事责任。
三、操作建议与风险防范
完善合同条款：在与子公司签订协议时，应明确资金的使用、管理和转账等条款，确保双方权益得到保障。
遵循内部决策程序：如果需要进行资金内部调拨，应严格按照公司章程和内部管理制度的规定，履行必要的决策程序。
加强财务管理与审计：建立健全的财务管理制度，加强对子公司资金的监管和审计，确保资金流动的合法性和合规性。
咨询专业律师：在进行涉及子公司资金转账等复杂法律行为时，建议咨询专业律师的意见，以确保操作合法合规，避免法律风险。
总结来看，虽然子公司具有独立法人资格，但在符合一定条件的情况下，与子公司签订协议后钱是可以转给总公司的。不过，务必确保操作合法合规，遵循合同约定和法律规定，加强财务管理与审计，并在必要时咨询专业律师的意见。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。