结论：对方车辆因事故不能正常运营期间的损失，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险类型、保险条款约定以及事故责任划分等因素。以下为具体分析：
- 交强险层面
- 交强险主要是对被保险机动车发生道路交通事故造成本车人员、被保险人以外的受害人人身伤亡、财产损失，在责任限额内予以赔偿。其赔偿范围一般不包括对方车辆因事故导致的停运损失这种间接损失。所以，通常情况下，交强险不会对对方车辆不能正常运营期间的损失进行赔偿。
- 商业三者险层面
- 若保险条款明确约定停运损失属于免赔范围：在这种情况下，即使投保了商业三者险，保险公司也不会对对方车辆的停运损失进行赔偿。因为保险合同是双方自愿签订的，保险公司按照合同约定履行赔付义务，当条款明确排除某项损失的赔偿时，保险公司有权拒赔。例如，一些商业三者险条款中会明确写明“被保险机动车发生意外事故，致使任何单位或个人停业、停驶、停电、停水、停气、停产、通讯或者网络中断、电压变化、数据丢失造成的损失以及其他各种间接损失，保险人不负责赔偿”。
- 若保险条款未明确约定停运损失免赔：此时需要进一步分析事故责任。如果被保险车辆在事故中负有责任，那么对于对方车辆合理的停运损失，保险公司有可能在商业三者险的责任限额内进行赔偿。但这里“合理”的认定较为关键，通常需要对方提供相关证据来证明其停运损失的具体金额，如车辆以往的运营收入证明、维修时间证明等。例如，对方是一辆出租车，其提供了近几个月的平均每日运营收入以及车辆维修所需的天数，以此来计算停运损失金额，若该金额合理，保险公司可能会予以赔付。不过，即使赔偿，也可能存在赔偿比例的问题，如果被保险车辆在事故中负次要责任，那么保险公司可能只按照一定的比例对停运损失进行赔偿。
- 特殊情况
- 如果能够证明保险公司对于免责条款没有尽到明确的说明义务，根据《中华人民共和国保险法》第十七条规定：“订立保险合同，采用保险人提供的格式条款的，保险人向投保人提供的投保单应当附格式条款，保险人应当向投保人说明合同的内容。对保险合同中免除保险人责任的条款，保险人在订立合同时应当在投保单、保险单或者其他保险凭证上作出足以引起投保人注意的提示，并对该条款的内容以书面或者口头形式向投保人作出明确说明；未作提示或者明确说明的，该条款不产生效力。”那么保险条款中关于停运损失免赔的条款可能不生效，保险公司仍需对对方车辆的停运损失进行赔偿。
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