公司代理申请软件本身并不违法，但具体是否违法需结合代理行为的具体内容、方式及目的来判断。以下从不同角度为您详细分析：

1. 合法代理的情形

• 正规授权代理：若公司获得软件著作权人或合法权利人的明确授权，代理其申请软件著作权登记、软件产品登记等合法手续，且代理过程中遵守相关法律法规（如《计算机软件保护条例》），则属于合法行为。
• 合规服务代理：公司代理客户办理软件相关的行政许可、备案等手续，只要符合行政法规要求（如《互联网信息服务管理办法》中关于软件备案的规定），亦不违法。

2. 可能违法的情形

• 无权代理或超范围代理：若公司未获得合法授权，擅自以他人名义申请软件著作权或相关资质，或超越授权范围代理（如代理盗版软件申请），可能构成侵权或欺诈，违反《著作权法》《反不正当竞争法》等。
• 代理虚假材料：在申请过程中提交虚假材料（如伪造软件代码、开发文档等），可能触犯《刑法》中的“伪造国家机关公文罪”或“侵犯著作权罪”，同时面临行政处罚（如罚款、吊销资质）。
• 协助侵权：若代理的软件本身存在侵权行为（如抄袭他人代码），而公司明知仍协助申请，可能构成共同侵权，需承担连带责任。

3. 法律后果与风险防范

• 民事责任：违法代理可能导致赔偿权利人损失（如著作权人要求停止侵权、赔偿损失）。
• 行政责任：可能被行政机关处罚（如罚款、没收违法所得、责令整改）。
• 刑事责任：严重情况下可能涉及刑事犯罪（如上述伪造公文、侵犯著作权罪）。
• 风险防范建议：
  1. 签订书面代理合同，明确授权范围、权利义务；
  2. 审核软件合法性（如查验著作权证书、开发文档）；
  3. 避免代为制作或提交虚假材料；
  4. 保留代理过程中的沟通记录、授权文件等证据。

4. 特殊场景：软件出口或跨境代理

• 若涉及跨境代理申请软件相关资质（如出口管制软件备案），需遵守《出口管制法》《网络安全法》等，未履行合规义务可能面临更严厉处罚。

总结：公司代理申请软件是否违法，核心在于代理行为是否获得合法授权、是否遵守程序规定、是否涉及虚假或侵权内容。建议您在开展此类业务前，务必审查授权文件、软件合法性，并咨询专业律师以确保合规。如有具体案例或疑问，可直接向我咨询。