违法占地不能办理项目立项。具体分析如下：
法律合规性要求
根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，项目立项必须以合法用地为前提。违法占地行为（如未取得用地审批、擅自改变土地用途等）本身即违反法律强制性规定，行政机关在审核立项材料时，若发现用地存在违法情形，将直接驳回申请。
立项审查的核心要件
项目立项需提交用地预审意见、规划许可证等文件，这些材料均以合法用地为基础。若用地未通过自然资源部门的合法性审查（如未完成征地补偿、未缴纳土地出让金等），立项程序将无法启动。实践中，违法占地项目可能面临“未批先建”的处罚，进一步阻断立项路径。
违法占地的法律后果
违法占地不仅导致立项失败，还可能引发行政处罚（如责令退还土地、没收地上物、罚款）或刑事责任（如非法占用农用地罪）。即使项目已部分建设，若用地违法，后续仍可能被责令拆除或补办手续，但补办手续的前提是消除违法状态，而非直接认可违法占地行为。
建议：若项目涉及用地问题，应优先通过合法途径取得用地审批（如申请农用地转用、参与土地招拍挂等），确保用地合法性后再推进立项程序。如有具体用地情形需进一步分析，可直接向我咨询。