公益公建项目违法占地同样会受到处罚，但具体处理方式需结合违法情形、项目性质及法律规定综合判断。以下从法律责任、处理程序、特殊情形三个角度展开分析：

一、法律责任：违法占地需承担行政、民事甚至刑事责任

1. 行政责任
   根据《土地管理法》第七十七条，未经批准或采取欺骗手段骗取批准非法占用土地的，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除或没收地上建筑物，并处罚款（按占地面积处每平方米100元至1000元标准）。
   例如：某公益学校未经审批占用耕地建教学楼，可能被责令退还土地、拆除建筑，并处每平方米500元罚款。

2. 民事责任
   若违法占地导致他人权益受损（如占用集体土地未补偿），需承担赔偿损失、恢复原状等责任（《民法典》第二百三十八条）。

3. 刑事责任
   若违法占地涉及“数量较大”（基本农田5亩以上/其他土地10亩以上）或造成严重后果（如耕地大量毁坏），可能构成《刑法》第三百四十二条非法占用农用地罪，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。

二、处理程序：分阶段应对，优先补办手续

1. 立案调查阶段
   自然资源主管部门发现违法线索后，会立案调查并制作《违法案件调查报告》，确认违法主体、事实、性质及情节。

2. 行政处罚阶段
   根据调查结果，作出《行政处罚决定书》，明确处罚内容（如退还土地、罚款）。若项目符合土地利用总体规划，可能采取“没收+罚款”而非拆除。

3. 执行与救济阶段

   • 执行：当事人需在15日内履行处罚决定，逾期可能被申请法院强制执行。
     
   • 救济：若对处罚不服，可在60日内申请行政复议或6个月内提起行政诉讼。

4. 补办手续（关键步骤）
   若项目符合公益需求且可补救，可依法申请补办用地审批手续（如调整规划、缴纳土地出让金），将违法状态转化为合法。

三、特殊情形：公益项目可能从轻或免除处罚

1. 从轻或减轻处罚的情形

   • 项目符合公共利益（如学校、医院），且违法情节轻微（如超占面积小、未造成严重后果）。
     
   • 主动消除违法状态（如自行拆除部分建筑、退还多余土地）。
     
   • 配合调查且无隐瞒、抗拒行为。

2. 免除处罚的例外
   若项目涉及国家重点工程（如高铁、水利设施），且已取得省级以上政府批准文件，可能通过“先行用地”程序补办手续，免除行政处罚（但需严格符合《土地管理法实施条例》第二十一条规定）。

实务建议：

1. 立即停止违法行为，避免扩大损失（如继续施工可能增加拆除成本）。
   
2. 委托律师介入，评估违法情节、项目性质，制定补救方案（如申请规划调整、补办手续）。
   
3. 与监管部门沟通，争取从轻处理（如主动缴纳罚款、承诺限期整改）。
   

若您具体涉及某类公益公建项目（如学校、医院、道路），可进一步说明情况，我将结合项目类型、占地性质（如耕地、建设用地）提供针对性方案。