在交通事故中，若司机被认定为主要责任人且事故导致非机动车驾驶人死亡，赔偿问题的处理会涉及多个法律层面和实际操作步骤。以下是对此类情况赔偿问题的详细解答：

一、赔偿原则与法律依据

根据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十六条，机动车发生交通事故造成人身伤亡、财产损失的，由保险公司在机动车第三者责任强制保险（交强险）责任限额范围内予以赔偿；不足的部分，按照过错比例分担责任。同时，《中华人民共和国民法典》第一千二百一十三条也明确了机动车交通事故的赔偿责任顺序，包括交强险、商业险及侵权人（司机）的个人赔偿。若司机死亡，其赔偿责任将转由其遗产承担。

二、赔偿项目及计算方式

1. 医疗费、护理费、交通费等：

   • 根据《民法典》第一千一百七十九条，侵害他人造成人身损害的，应赔偿医疗费、护理费、交通费等为治疗和康复支出的合理费用。

2. 丧葬费：

   • 按照《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十四条，丧葬费以受诉法院所在地上一年度职工月平均工资标准计算六个月总额。

3. 死亡赔偿金：

   • 依据同一司法解释第十五条，死亡赔偿金按受诉法院所在地上一年度城镇居民人均可支配收入标准计算二十年。六十周岁以上的，年龄每增加一岁减少一年；七十五周岁以上的，按五年计算。

4. 被扶养人生活费：

   • 根据第十七条，被扶养人生活费根据扶养人丧失劳动能力程度及被扶养人的实际情况计算。被扶养人为未成年人的，计算至十八周岁；无劳动能力又无其他生活来源的，计算二十年。六十周岁以上的，年龄每增加一岁减少一年；七十五周岁以上的，按五年计算。

三、保险公司赔偿流程

1. 交强险赔偿：

   • 首先，由司机车辆的交强险在责任限额内进行赔偿，包括死亡伤残赔偿、医疗费用赔偿及财产损失赔偿。

2. 商业险赔偿：

   • 若司机还投保了商业第三者责任险，超出交强险部分的赔偿可按保险合同约定由保险公司赔付。

3. 遗产赔偿：

   • 保险赔偿不足部分，需用司机的遗产进行补充赔偿。继承人继承遗产的，需在遗产范围内承担赔偿责任；继承人放弃继承的，由债权人依法处理司机遗产以获得赔偿。

四、实际操作建议

1. 及时报案与沟通：

   • 事故发生后，应立即向保险公司报案，并详细说明事故情况。同时，与交警部门保持沟通，确保事故认定书及时出具。

2. 保留证据：

   • 保留好所有相关证据，包括但不限于事故认定书、医疗费用票据、财产损失清单、被扶养人身份证明等。这些证据将在后续的赔偿协商或诉讼中起到关键作用。

3. 协商与诉讼：

   • 尝试与受害人家属或其代理人进行协商，寻求达成赔偿协议。若协商无果，可通过法律途径解决，如提起诉讼。在诉讼过程中，应充分准备证据，确保自身权益得到充分保护。

4. 寻求专业帮助：

   • 面对此类复杂的赔偿问题，建议寻求专业律师的帮助。律师将能够提供法律咨询、代理诉讼等服务，确保赔偿事宜得到妥善处理。

综上所述，交通事故中司机被认定为主要责任人且导致非机动车驾驶人死亡时，赔偿问题的处理需严格遵循法律法规，确保赔偿工作的合法性与公正性。同时，应综合考虑受害人的损失情况、司机的遗产状况、双方的过错程度以及保险公司的赔付能力等因素，力求达到公平合理的解决方案。