与非法营运的出租车发生事故，如果出租车因此停运，侵权人需要赔偿停运损失。这一结论基于以下法律分析和依据：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一千一百六十五条第一款，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。这包括因交通事故导致的财产损失，而出租车停运损失属于财产损失的一种。
- 《最高人民法院关于审理道路交通事故损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》第十二条明确规定，依法从事货物运输、旅客运输等经营性活动的车辆，因无法从事相应经营活动所产生的合理停运损失，当事人有权请求侵权人赔偿。
赔偿责任的承担：
- 出租车作为营运车辆，其停运期间的合理经济损失应当得到赔偿。赔偿金额通常依据停运时间和日运营收入来计算。
- 赔偿责任先由保险公司在保险责任限额内承担，不足部分由侵权人负责。如果侵权人投保了交强险和商业险，且事故发生在保险期内，保险公司会按照保险合同约定进行赔偿。但需要注意的是，保险合同中可能包含对停运损失等间接损失不予赔付的免责条款，此时需根据具体合同条款和保险公司的提示说明义务来判断保险公司是否承担赔偿责任。
实际案例：
- 以慈利县人民法院成功调解的一起机动车交通事故责任纠纷案件为例，被告吴某驾驶的小型轿车与原告刘某驾驶的运营出租车发生碰撞，造成两车不同程度受损。经交警部门认定，吴某对该事故负全部责任。刘某要求吴某及保险公司承担修车期间的营运损失和出租车租赁费。最终，在法官的调解下，双方达成调解协议，由吴某赔偿刘某停运期间损失。这一案例进一步印证了侵权人需要赔偿出租车停运损失的法律原则。
综上所述，与非法营运的出租车发生事故时，如果出租车因此停运，侵权人依法需要赔偿停运损失。赔偿金额和赔偿责任的具体承担方式需根据事故责任比例、保险合同约定以及实际停运时间和日运营收入等因素来确定。如果您在此类事故中遇到法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。